法医学二代测序标准化进展与展望

二代测序技术可检测多种法医遗传标记获取海量序列信息,满足法医学实践中精准个体识别、复杂亲缘关系鉴定、特征刻画等应用需求。国内外已开展大量二代测序法医学应用科研工作,但由于缺乏行业标准,二代测序在我国公安实战中并未得到有效应用。目前,法医学二代测序的标准制定面临检测靶标特殊、测序技术流程和结果分析不统一等挑战。本文从核酸标准参考物、测序技术要求、序列多态STR等位基因命名规则等方面,梳理国外法医学二代测序标准化工作进展,并总结国内二代测序检测行业标准现状,希冀为我国法医学二代测序的标准建设提供思路和参考。     

保存温度及保存时间对AmpFlSTR(R)Identifiler(R)Plus Kit PCR Reagents试剂盒PCR混合液效能影响的研究

目的 探讨AmpFlSTR(R) Identifiler(R) Plus Kit PCR Reagents混合液使用时间和温度的影响因素.方法 试剂盒PCR混合液依次在4℃、室温、-20℃下保存l周、2周至15周不等,用于样品STR分型检验.结果 4℃保存的PCR混合液在15周之内可以检验出标准品9947A的STR分型;室温保存在6周之内可以检出;-20℃保存至少在15周内可以检出.结论 由AmpFlSTR(R) Identifiler(R)Plus Kit PCR Reagents试剂盒各组分组成的试剂盒PCR混合液在一定的保存条件下使用是可行的,符合法庭科学人类荧光标记STR技术要求.     

2个miniSTR等位基因分型标准物的制备

目的采用分子克隆技术制备miniSTR D3S4529和D12ATA63基因座等位基因分型标准物,并评价其应用价值。方法用荧光引物对835份无关个体血卡样本进行扩增并分型检测,筛选2个基因座的等位基因片段,用分子克隆方法制备等位基因分型标准物,并对中国汉族群体进行遗传学调查。结果根据筛选出的等位基因片段制备出分型标准物,各等位基因峰形尖锐,无双肩峰,峰高基本一致,荧光值在4 000 RFU左右。中国汉族人群D3S4529、D12ATA63基因座分别检出7个、11个等位基因,杂合度分别为0.752、0.723,多态信息含量均为0.71。结论通过分子克隆法制备的miniSTR D3S4529和D12ATA63等位基因分型标准物,在法医学研究中具有较高的应用价值。     

限制性组合分析法推定男女混合斑中个体分型初探

正混合斑是指包含两名或两名以上个体的混合生物检材,在多数情况下,此类检材的DNA分型往往表现为两人或多人的混合分型,使结果分析较为复杂[1]。本文尝试采用2005年国际法医遗传学会(ISFG)推荐的关于混合斑结果分析中的计算方法对混合斑案件中单一个体DNA分型结果进行分析。1材料与方法1.1样本及检验样本由公安部物证鉴定中心提供强奸案件中床单上混合斑检材1份,为日常检案积累,根据案情调查证实该检材系混合斑。DNA检验采用Chelex法提取上述检材DNA,经DNATyperTM15 plus试剂盒扩增后在ABI 3130遗     

毛干蛋白单氨基酸多态性鉴定研究

本文建立了毛干蛋白单氨基酸多态性（single amino acid polymorphism,SAP）的质谱检测方法，以DNA测序验证方法的准确性，并设计多组样本检验SAP鉴定的重现性。对来自6个人的25份毛干样本的SAP鉴定结果进行分析，并与毛干来源人的血液外显子测序结果相比较，对于不一致位点进一步使用Sanger法测序确定SAP对应的SNP分型。共设计四组重复性实验测试，对不同直径/生长部位毛干的分型结果进行了一致性验证。通过设计的376对引物进行PCR扩增，成功检测了522个SNP分型，其中32个（6.1%）与前期外显子测序分型不一致，152个（29.1%）为外显子测序中未检测的分型，338个（64.8%）与外显子分型结果一致。四组重复性实验中，组内SAP鉴定准确率平均值为93.6%(95%CI:92.8%～94.5%)，鉴定重现率平均值为96.0%(95%CI:94.3%～97.6%)。在所有25份样本中，有283个SAP位点在至少两个样本中检出，其中23个位点在全部样本中都被检出。因此，毛干蛋白SAP鉴定方法具有较高的准确性和重现性，得到的23个高检出率SAP位点可作为候选...     

DNATyper^TM15试剂盒的确证试验

目的测试DNATyper^TM15试剂盒的技术性能指标，评估其法医学应用能力。方法制定测试方案，从方法学验证、灵敏度、混合样本、批次间试剂稳定性及批量样本测试、DNA提取方法适应性测试、各类常见检材的测试、稳定性测试等8个方面进行测试。并与Identifiler^TM PowerPlex16剂盒进行比较。结果DNA Typer TM15试剂盒灵敏度较高，批次间性能稳定，对各类案件检材和DNA提取方法具有较好的适应性，具有检验混合DNA样本检测的能力。结论DNA Typer TM15在上述性能指标等方面已经达到国际同类产品的技术水平，可用于法庭科学的检案与建库。     

佛山汉族15个常染色体STR基因座突变观察及研究

【目的】调查佛山汉族15个常染色体STR基因座(D8S1179、D21S11、D7S820、CSFIPO、D3S1358、TH01、D13S317、D16S539、D2S1338、D19S433、VWA、TPOX、D18S51、D5S818、FGA)的突变情况,探讨突变率及突变特征。【方法】对1960例肯定亲权关系的案例进行分析,筛选突变事件,确定突变来源,统计各STR基因座的突变率,分析突变的规律及其特点。【结果】在15个STR基因座中共观察到33次突变事件,STR基因座的突变率介于0.04%～0.16%。每个突变案例的突变基因座数目为1～3个。突变模式符合逐步突变模式,最多突变步数为二步。父系突变与母系突变比例为4.50:1。【结论】准确获得佛山汉族15个STR基因座的突变率;并首次发现1例3个STR基因座同时突变的案例,提出只有将排除标准定为3个以上基因座违反遗传规律,鉴定结论才更为可靠的建议。     

中国北方汉族12个Y-STR基因座遗传多态性

人类Y染色体是男性特有的性染色体,在法医学个体识别、亲子鉴定和混合斑中男性成分的检验等方面具有独特作用[1].本研究选取了12个Y-STR基因座,调查其在北方汉族人群中的遗传多态性,以期为DNA检验鉴定提供参考数据.