D8S1179基因座等位基因丢失现象的研究

目的 探讨在进行STR分型时发生的等位基因“丢失”情况的原因。方法 分别采用Profiler Plus试剂盒和GenBank数据库设计的引物,对D8S1179基因座进行基因分型,并对丢失的等位基因进行测序分析。结果D8S1179基因座丢失的等位基因在第147位碱基出现G-A转换。在中国人群中,该位置出现碱基转换的频率是0.50×10-2(在2013个无关个体中观察到10例无关变异事件)。结论 第147位碱基转换正好位于Prfiler Plus试剂盒中D8S1179基因座的引物结合区域,导致扩增时等位基因丢失。     

D8S1179基因座假变异6例

ProfilerPlus试剂盒 (ABI公司 )中的 9个STR基因座 ,是广泛应用于法医物证检验的遗传标记。本文作者在用该试剂盒进行亲子鉴定时 ,发现 6例亲子鉴定的D8S1179基因座不符合遗传规律。经用Iden tifiler”试剂盒 (ABI公司 )复检 ,证实为等位基因丢失而引起的假变异。1　案例资料6例亲子鉴定案D8S1179基因座检测结果见表 1。表 1. 6例亲子鉴定中D8S1179基因座的检测案例编号 案由 ProfilerPlus试剂盒母子父Identifiler试剂盒母子父1申请移民 1 4 ,1 4 1 3 ,1 3 1 3 ,1 3 1 4 ,1 5 1 3 ,1 5 1 3 ,1 32申请移民 1 3 ,1 3 1 5 ,1 5 1 3 ,1…     

3种常用PCR扩增试剂盒检验血样DNA的结果比较

目的探讨常用的ProfilerPlusTM、IdentifilerTM与Powerplex(16试剂盒检验血样DNA的差异。方法510名无关中国汉族个体血样,分别用ProfilerPlusTM与Powerplex(16试剂盒进行DNA检验,然后对有不同检验结果的同一样本,再用ProfilerPlusTM、IdentifilerTM与Powerplex(16等三种试剂盒进行检验,并比较其结果。结果在510名个体血样的DNA检测结果中,发现同一样本有不同结果的有7例,其差异率为1.3725%;ProfilerPlusTM、IdentifilerTM与Powerplex(16各有1例在D13S317或FGA基因座上出现等位基因缺失现象,缺失率为0.1961%;ProfilerPlusTM有5例在D8S1179基因座上出现扩增严重不平衡现象,相应的IdentifilerTM与Powerplex(16试剂盒的检验结果为正常杂合子。结论ProfilerPlusTM、IdentifilerTM与Powerplex(16试剂盒检验血样DNA均会出现扩增不平衡和/或基因丢失现象,其发生几率IdentifilerTM与Powerplex(16试剂盒较ProfilerPlusTM少。     

PowerPlex~ 21试剂盒扩增后的分型图谱中Y片段丢失的识别

目的依据分型图谱,直观、简便识别是否存在Amelogenin基因Y片段丢失的可能。方法采用计算分型图谱中等位基因峰高之和比值的方法,统计1 968份人员样本经Power Plex~ 21试剂盒扩增后Amelogenin与D3S1358基因座之间的均衡性、Amelogenin X等位基因与Amelogenin Y等位基因的均衡性以及D3S1358基因座不同等位基因的均衡性情况。结果 90.8%的女性样本Amelogenin X等位基因峰高不低于D3S1358基因座等位基因峰高和的60%,94.9%的男性样本Amelogenin X等位基因的峰高不超过D3S1358基因座等位基因峰高和的70%。结论 Power Plex~ 21试剂盒扩增后的分型结果中,当Amelogenin基因只检测到Amelogenin X等位基因,且Amelogenin X等位基因的峰高不及D3S1358基因座等位基因峰高之和的70%时,应考虑存在Y片段丢失的可能性。     

19例基因突变分析

目的对19例不符合遗传规律的基因突变现象进行分析，并探讨其对亲子鉴定的影响。方法对使用Profiler Plus＋Cofiler试剂盒鉴定的118例，使用Identifiler^TM试剂盒鉴定的552例亲子鉴定案例中出现的19例1～2个STR不符合遗传规律的家庭，使用DNATyper15^TM试剂盒进行复检。结果原鉴定19个案例中有1个STR基因座不符合遗传规律的17例，有2个STR基因座不符合遗传规律的2例；使用DNATyper15^TM试剂盒进行复检，结果其中3例D8S1179基因座被证实系等位基因丢失，其余16例复检结果仍不符合遗传规律，分析认为系等位基因突变所致。结论在有1～2个基因座不符合遗传规律时，要综合分析，并增加检测基因座的数量，避免基因座的错误分型和亲子关系的误判。     

亲子鉴定中STR基因座的基因突变分析

目的探讨Identifiler^TM荧光标记复合扩增试剂盒15个STR基因座在亲子鉴定中的基因突变特点。方法应用Identifiler^TM荧光标记复合扩增试剂盒检测676例亲子鉴定案，对其中1～2个突变基因座加做HLA等位基因检测或Y—STR基因座检测。结果在认定亲子关系的676例中，观察1304次减数分裂，Identifiler^TM荧光标记复合扩增试剂盒中的15个基因座确定19例突变，其中D18S51基因座4例，D2S1338基因座3例，D8S1179、D16S539、vWA、D7S820、D13S317基因座各2例，D5S818和TH01基因座各1例，D21S11、FGA、D3S1358、D19S433、TPOX、CSF1P0基因座未见突变；一步突变的17例，二步突变的为1例，四步突变的1例；1个基因座发生突变的18例，2个基因座同时发生基因突变的为1例；突变来自父亲与来自母亲的比例为13：2，4例来源不能确定。结论用Identifiler^TM荧光标记复合扩增试剂盒检测到1—2个基因座发生突变，须增加对其它遗传标记的检测。     

3种国产化试剂盒与Identifiler^TM试剂盒检验结果比较

目的比较3种常用国产化PCR扩增试剂盒与IdentifilerTM试剂盒的检验结果。方法对455份中国汉族无关个体血样,分别用IdentifilerTM、DNA TyperTM15、GoldenEye 16BT、AGCU17＋1 4种试剂盒进行检测,对其中共有的11个基因座位分型结果进行比较,并对有差异的样本进行测序分析。结果 3种国产化试剂盒在455份样本中,发现4例样本的分型结果有差异,差异率为0.88%。其中,DNA TyperTM15试剂盒CSF1PO基因座发现1例等位基因丢失,AGCU17＋1试剂盒D18S51基因座发现1例等位基因扩增不平衡,测序结果表明,2例均系点突变导致;GoldenEye16BT试剂盒D21S11基因座发现2例假3峰型,其中1例测序未发现碱基突变,分析3峰原因可能是stutter滑脱峰所致。结论与IdentifilerTM试剂盒比较,3种国产化试剂盒均有分型差异现象,成因不同,在实践中应给予注意。     

中国汉族人群15个STR基因座的等位基因频率调查

目的 调查10071名中国汉族无关个体15个STR基因座的等位基因的类型及其频率，并与以往相关文献报道的汉族群体资料进行统计比较。方法 应用PowerPlex~(TM)16荧光标记复合扩增系统，对10071份中国汉族无关个体的血样DNA进行15个STR基因座的复合扩增；用ABI 377或3100遗传分析仪对扩增产物进行分型，统计15个STR基因座的基因频率。结果 15个STR基因座共发现226个等位基因，频率在0.0001～0.5512；除D8S1179基因座外，其它基因座均发现稀有等位基因，数目1～7个不等，共34个。在中国汉族人群，稀有D21S11基因座的等位基因32.1和36.2，D18S51基因座的等位基因15.2和17.2，Penta E基因座的等位基因15.2、17.4、18.4、19.4、26和27，D7S820基因座的等位基因9.2、10.1、11.1和15，Penta D基因座的等位基因18、19和20，TPOX基因座的等位基因14，FGA基因座的等位基因13，以及较常见但欧洲稀有的D21S11基因座的等位基因30.3和D7S820基因座的等位基因9.1和9.2等均为首次报道。结论 大样本基因频率调查有利于观察STR基因座的稀有等位基因；本研究结果与以往相关文献报道的结果有不同程度的差异。     

引物结合区点突变致D18S51等位基因丢失

目的确定D18S51基因座是否存在等位基因缺失及其原因。方法应用多个STR试剂盒检测检材以确定D18S51基因座的等位基因缺失情况;重新设计引物对所测D18S51基因座进行单独扩增,并对缺失的等位基因进行测序。结果该案例被检个体的D18S51侧翼序列引物结合区发生突变,致等位基因丢失。结论亲权鉴定时出现不符合孟德尔遗传规律现象,应使用多个试剂盒检测验证以避免父权误判。     

广东省瑶族人群15个STR基因座的多态性调查

目的调查广东省瑶族人群无关个体 15个STR基因座 (D3S135 8、TH0 1、D2 1S11、D18S5 1、PentaE、D5S818、D13S317、D7S82 0、D16S5 39、CSF1PO、PentaD、vWA、D8S1179、TPOX、FGA)的多态性 ,研究其在法医学检验中的应用价值。方法应用PowerplexTM16荧光标记复合扩增系统对 2 2 2例广东省瑶族无关个体血样DNA进行 15个STR基因座的复合扩增 ,用ABI 310 0遗传分析仪对扩增产物进行检测 ,用GeneScan、GenoTyper软件进行基因分型 ,统计计算 15个STR基因座的群体遗传学参数。结果PowerplexTM16荧光标记系统的 15个STR基因座在广东省瑶族人群的累积偶合率为 7 5 8× 10 - 17,三联体累积非父排除率为 0 999998,二联体累积非父排除率为 0 9996 6。结论本研究 15个STR基因座可满足广东省瑶族人群法医学的个体识别及亲权鉴定的需要。     

安徽地区汉族人群15个STR基因座遗传多态性

应用荧光标记引物复合扩增技术,对安徽地区263名汉族无关个体的D3S1358、TH01、D21S11、D18S51、Penta E、D5S818、D13S317、D7S820、D16S539、CSF1PO、Penta D、vWA、D8S1179、TPOX、FGA等15个STR基因座的多态性调查,现报道如下。1材料与方法1.1样本及DNA提取263例汉族无关个体血样由本实验室日常检案积累,采用常规Chelex法提取样本DNA[1]。1.2复合扩增及分型按PowerPlexTM(Promega公司)16 System试剂盒说明书进行复合扩增及分型。PCR反应总体系10μl,其中Buffer 1μl,primer 1μl,Taq Gold酶0.3μl,DNA模板适量,…     

河北地区汉族群体19个STR基因座的遗传多态性

本文对D3S1358、D8S1179等19个STR基因座在河北汉族人群中的遗传学数据进行了调查研究。1材料和方法来源于本实验室保存的河北地区251个无关个体的血样。采用Chelex-100法提取样本DNA,采用ABI公司的Sino filer试剂盒和Promega公司的PP16试剂盒进行扩增,扩增产物用ABI-3130XL型基因分析仪进行毛细管电泳分离,应用ABI Genemapper IDX软件分析结果。     

山西地区汉族15个STR基因座遗传多态性

10 9份山西地区无关个体血样本 (日常办案检材 ) ,Chelex 10 0法或酚 氯仿抽提法提取其样本DNA ,按Power PlexTM16荧光标记试剂盒 (Promega)说明书 ,采用 10 μl体系扩增D3S135 8、vWA、FGA、D8S1179、D2 1S11、D18S5 1、D5S818、D13S317、D7S82 0、CSF1PO、TH0 1、TPOX、PentaD、PentaE、D16S5 39共 15个STR基因座。扩增产物应用ABI310型全自动遗传分析仪检测 ,记录无关个体各基因座的基因型 ,计算 15个基因座的等位基因频率分布和对基因型分布进行 χ2 检验 ,并按文献[1,2 ] 方法分别计算等位基因的杂合度 (H)、个…     

天津地区朝鲜族9个STR基因座遗传多态性

目的　调查天津地区朝鲜族人群无关个体 9个STR基因座 (D3S135 8、vWA、FGA、D8S1179、D2 1S11、D18S5 1、D5S818、D13S17、D7S82 0 )多态性分布 ,研究其在法医学检验中的应用。方法　应用AmpFLSTR○R　ProfilerPlusTM荧光标记复合扩增系统对 184例天津地区朝鲜族无关个体血样DNA进行 9个STR基因座的复合扩增 ,用ABI310遗传分析仪对扩增产物进行检测 ,用GeneScan、GenoTyper软件进行基因分型 ,统计计算 9个STR基因座的群体遗传学参数。结果　该群体上述 9个STR基因座检出的等位基因及其基因型多态性分布良好 ,经校验 ,符合Hardy Weinberg平衡定律 ,累计个体识别力 (TDP)为 0 99999999996 ,偶合率为 4 .0 6×10 - 11,累积非父排除能力 (PE)为 0 9899。结论　上述 9个STR基因座适用于本地区该群体各类案件的法医学个体识别和亲权鉴定。     

中国布里亚特蒙古族人群15个STR基因座的遗传多态性

应用PowerPlexTM16系统 (Promega)荧光标记复合扩增试剂盒 ,调查 15个STR基因座在中国布里亚特蒙古族人群中的基因频率分布 ,现报道如下。1　材料与方法布里亚特蒙古族人群无关个体血样 10 2份 (内蒙古包头医学院提供 ) ,按DNAIQTM试剂盒说明书的方法提取DNA ,提取DNA浓度为 1μg/ μl。用Power PlexTM16系统荧光标记试剂盒 (Promega) ,按说明书方法扩增D3S135 8、TH0 1、D2 1S11、D18S5 1、PentaE、D5S818、D13S317、D7S82 0、D16S5 39、CSF1PO、PentaD、vWA、D8S1179、TPOX、FGA共 15个STR基因座 ,310 0型全自…     

皖南地区汉族人群15个STR基因座遗传多态性

目前,短串联重复序列（short tandem repeat,STR）分型检测已被广泛应用于国内外法医学个人识别和亲权鉴定中。本文采用Identifiler荧光标记复合扩增系统对皖南地区汉族人群15个STR基因座（D8S1179、D21S11、D7S820、CSF1PO、D3S1358、TH01、D13S317、D16S539、D2S1338、D19S433、vWA、TPOX、D18S51、D5S818和FGA）遗传多态性进行调查,为法医学个体识别、     

多套试剂盒在亲权鉴定特殊案例中的应用

目的分析山东汉族人群21个常染色体STR基因座的遗传多态性,同时对用Goldeneye~ DNA身份鉴定系统25A和20A检测存在基因突变或等位基因丢失的案例进行分析。方法用Goldeneye~ DNA身份鉴定系统25A和22NC对山东汉族人群273个无关个体的40个常染色体STR基因座进行分型,对其中21个STR基因座的遗传多态性进行分析。同时对6个存在基因突变的案例增加检测Goldeneye~ DNA身份鉴定系统22NC、20Y、17X。另外3个存在等位基因丢失的案例,用Amp FlSTR~ Identifiler~ Plus PCR扩增试剂盒验证并测序分析。结果获得山东汉族人群21个常染色体STR基因座的遗传学参数。增加到40个常染色体STR基因座:5个存在基因突变的案例可达到鉴定要求,X-STR或Y-STR分型结果一致;另外1个可能基因突变的二联体案例,共有6个基因座的基因分型在被检父找不到生物学来源,两人的Y-STR基因分型相同,说明来自同一父系,但通过常染色体分型排除父子关系。2个在D18S51基因座存在等位基因丢失的案例,经基因测序分析,在相应的引物结合区被检母和孩子存在碱基的突变或丢失;另1个被检母和孩子在D13S317基因座存在等位基因丢失的案例,通过Amp FlSTR~ Identifiler~ Plus PCR扩增试剂盒检测得到确认。结论山东汉族人群21个常染色体STR基因座有较高的遗传多态性,可用于日常的亲权鉴定案例。对部分存在基因突变的二联体案例,Goldeneye~ DNA身份鉴定系统25A无法满足鉴定要求,应适当增加常染色体STR基因座的检测个数。对于存在等位基因丢失的案例,改用不同公司的试剂盒或进行基因测序可以解决。     

广西苗族人群15个STR基因座的多态性调查

目的调查广西苗族人群无关个体的15个STR基因座(D8S1179、D21S11、D7S820、CSF1PO、D3S1358、TH01、D13S317、D16S539、D2S1338、D19S433、vWA、TPOX、D18S51、D5S818、FGA)多态性,研究其在法医学检验中的应用价值。方法应用AmpFlSTRIdentifilerTM荧光标记复合扩增系统对274例广西苗族无关个体血样DNA进行15个STR基因座的复合扩增,用ABI3100遗传分析仪对扩增产物进行检测,用GeneScan、GenoTyper软件进行基因分型,统计计算15个STR基因座的群体遗传学参数。结果IdentifilerTM荧光标记系统的15个STR基因座在广西苗族人群的累积偶合率为5.04×10-17,累积非父排除率分别为0.9999993。结论该15个STR基因座可满足广西苗族人群法医学的个体识别及亲权鉴定的需要。     

X-STR和常染色体STR在二联体亲权鉴定中的应用

目的探讨X-STR和常染色体STR在二联体亲权鉴定中的应用价值。方法分别采用Sinofiler试剂盒和Mentype Argus X-8试剂盒对104例二联体亲权鉴定的样本DNA进行基因分型,并对各个STR基因座在排除案例中的应用价值进行统计分析。结果Sinofiler试剂盒和MentypeArgus X-8试剂盒对其中102例案件均可获得相同的鉴定结论;另外2例案件中,分别在DXS10074和DXS10035基因座检见突变可能。在69例排除案例中,Sinofiler检测系统中以D8S1179基因座的排除率最高,为56.52%;MentypeArgus X-8检测系统中以DXS10135基因座的排除率最高,达到85.51%。结论X-STR在法医学中具有很好的应用价值,不仅可以成为常染色体STR的重要补充,而且可以解决一些特殊案例的鉴定难题。     

男性个体Amelogenin基因座X片段缺失1例

<正> 在使用Profiler Plus、Identifiler(ABI)试剂盒和PowerPlex 16TM (Promega)进行法医学个体识别和亲子鉴定时,会遇到由于模板中某些碱基突变造成的等位基因丢失现象,如在D8S1179、vWA、D13S317、CD4、HumFIBRA等基因座均出现的这类