D1S549基因座分型标准物的克隆制备方法及其群体遗传学研究

目的 采用分子克隆技术建立制备大量优质标准 STR基因座等位基因分型标准物的方法,解决长期困扰 STR分型上存在的准确性和标准化问题。方法 先用 PCR扩增出 D1S549基因座的 8个等位基因片段,将其插入 pUC重组质粒中,经 DNA测序分析证实插入片段的结构及大小,用国际标准将插入的等位基因片段进行命名,最后经转染、扩大培养,扩增及再鉴定后制备出标准的 D1S549等位基因分型标准物。结果应用此分型标准物,调查了成都地区汉族 ,甘肃回族及新疆维族群体 D1S549基因座的基因型分布频率。结论 表明该法制备的 STR基因座等位基因分型标准物适用于法医学鉴定实践, D1S549基因座是一个适合我国群体分析和法医学遗传分析的遗传标记。     

2个miniSTR等位基因分型标准物的制备

目的采用分子克隆技术制备miniSTR D3S4529和D12ATA63基因座等位基因分型标准物,并评价其应用价值。方法用荧光引物对835份无关个体血卡样本进行扩增并分型检测,筛选2个基因座的等位基因片段,用分子克隆方法制备等位基因分型标准物,并对中国汉族群体进行遗传学调查。结果根据筛选出的等位基因片段制备出分型标准物,各等位基因峰形尖锐,无双肩峰,峰高基本一致,荧光值在4 000 RFU左右。中国汉族人群D3S4529、D12ATA63基因座分别检出7个、11个等位基因,杂合度分别为0.752、0.723,多态信息含量均为0.71。结论通过分子克隆法制备的miniSTR D3S4529和D12ATA63等位基因分型标准物,在法医学研究中具有较高的应用价值。     

D11S4463基因座等位基因分型标准物制备及应用

目的制备D11S4463基因座等位基因分型标准物,并调查该基因座在中国汉族人群中的遗传多态性。方法设计引物,用荧光引物PCR扩增和ABI 3130XL遗传分析仪电泳的方法,对中国汉族520份无关个体血斑样本D11S4463基因座遗传多态性进行调查,用分子克隆的方法构建其等位基因分型标准物。结果 D11S4463基因座在中国汉族人群中共检测出9个等位基因,杂合度、匹配概率、个体识别能力、多态性信息含量及非父排除概率分别为0.735、0.089、0.911、0.73、0.485。应用分子克隆的方法成功构建其等位基因分型标准物,按国际法庭血液遗传学学会推荐的原则命名。结论 D11S4463基因座具有较高的遗传多态性,应用分子克隆的方法构建其等位基因分型标准物,在法医科学实践中具有较高的应用价值。     

4个Y-STR基因座遗传多态性及分子克隆技术制备分型标准物

目的研究Y染色体4个新发现的STR基因座在成都汉族群体中的遗传多态性,寻找适合于法医学应用的Y-STR基因座并用分子克隆法制备其等位基因分型标准物。方法用PCR扩增和非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳技术,对105名成都地区汉族无血缘关系男性个体的4个Y-STR基因座进行分型。并通过分子克隆技术制备DYS643基因座的等位基因分型标准物。结果DYS632、DYS634、DYS642和DYS643四个STR基因座均具有Y染色体特异性,在成都汉族群体中等位基因个数分别为2、4、3和5,共检测出31种单倍型;DYS643基因座的等位基因分型标准物可以用于群体研究。结论DYS643基因座及其分子克隆法制备的等位基因分型标准物具有较高的法医学应用价值。     

荧光复合扩增DXS6804、DXS6799和DXS7132基因座

应用分子克隆技术制备出DXS6804、DXS6799和DXS7132基因座的等位基因分型标准物,通过研究复合扩增技术,构建3个基因座X—STR复合扩增的荧光检测体系。     

壮族人群3个STR基因座基因频率分布及其法医学应用

研究3个STR基因座（D21S11、HumFGA、D19S253）在广西壮族人群中的基因频率分布及其在实际检案中的应用价值。以自制等位基因Ladder样品作为标准对照,用PCR结合PAGE技术对3个STR基因座的扩增产物进行分型。结果显示：D21S11基因座有14个等位基因,有44个基因型;HumFGA基因座有15个等位基因,40个基因型;D195253基因座有9个等位基因,23个基因型。经检验,3个STR基因座基因型分布均符合Hardy－Weinberg平衡,累计个体识别力（DP）为0．9995。3个STR基因座在壮族人群属高识别力遗传标记系统,在法医学个体识别及亲权鉴定方面有重要价值。     

岫岩满族9个STR基因座遗传多态性

目的用复合荧光扩增体系调查辽宁鞍山岫岩满族无关个体D6S1043、D7S3048、D9S925、D11S2368、D14S608、D15S659、D17S1290、D20S470和GATA198B05等9个STR基因座的遗传多态性。方法用本实验室构建的9个常染色体STR基因座荧光复合扩增体系,对辽宁鞍山岫岩满族252个无关个体的DNA进行PCR扩增,3130型基因分析仪电泳检测扩增产物及等位基因分型标准物,GeneMapper誖3.2分析软件中导入本体系Panel和Bin,对电泳结果进行分析,按照重复序列重复次数命名等位基因,使用Power-StatsV12和GENEPOP软件进行统计学分析。结果 9个STR基因座在辽宁鞍山岫岩满族基因型频率分布均符合Hardy-Weinberg平衡(P﹥0.05),多态性信息含量在0.750～0.860之间,杂合度在0.794～0.881之间,个体识别力在0.918～0.968之间,非父排除概率在0.587～0.757之间,累积非父排除率为0.999 96,累积个体识别能力为0.999 999 999 999 1。结论这9个非CODIS系统STR基因座在鞍山岫岩满族群体中等...     

D18S872基因座在汉、维、蒙古、回族群体中的遗传多态性研究及其应用

目的　调查D18S872基因座在成都汉族 ,新疆维族和蒙古族 ,甘肃回族 4个民族中的遗传多态性 ,获得群体遗传学基本数据。　方法　等位基因分型标准物制备采用分子克隆技术 ,样本基因分型采用PCR和PAG垂直电泳技术、银染显色方法。　结果　获得D18S872基因座等位基因分型标准物及该基因座在 4个群体中的遗传学数据。　结论　结果表明D18S872基因座在法医学个人识别和亲子鉴定中有一定的应用价值。     

D18S872基因座在汉、维、蒙古、回族群体中的遗传多态性研究及其应用

目的 调查D18S872基因座在成都汉族,新疆维族和蒙古族,甘肃回族4 个民族中的遗传多态性,获得群体遗传学基本数据. 方法 等位基因分型标准物制备采用分子克隆技术,样本基因分型采用PCR和 PAG垂直电泳技术、银染显色方法 . 结果获得D18S872基因座等位基因分型标准物及该基因座在4个群体中的遗传学数据. 结论 结果表明D18S872基因座在法医学个人识别和亲子鉴定中有一定的应用价值.     

D8S384基因座的遗传多态性及其在法医物证检验中的应用

揭示人类自然群体中D8S384基因座的基因型频率,评估D8S384基因座在法医物证中的应用价值,以及建立D8S384基因座的分型方法。用不同基因型PCR产物混合的方法,制备了D8S384等位基因分型标准物,并按照国际法医血液遗传学会DNA委员会推荐的原则命名了等位基因。采用PCR扩增、电泳分析、银染显色的方法,调查了世界3大人种11个群体1103名个体的D8S384基因型。D8S384基因座共有8个等位基因,群体内基因型分布符合Hardy－Weinberg平衡,群体间基因型构成有显著性差异。利用群体数据估计了D8S384基因座的法医学理论应用价值,计算得出D8S384基因座的期望杂合度为0．704±0．014,个人识别机率为0．864。D8S384基因座是一个较好的法医学STR遗传标记。     

分子克隆技术制备miniSTR基因座等位基因分型标准物

目的调查D9S2157、D9S1122、D10S1435、D12ATA63和D2S1776共5个miniSTR基因座在河北汉族人群中的遗传多态性,并用分子克隆的方法制备等位基因分型标准物。方法用荧光PCR和ABI 310遗传分析仪对河北汉族120份无关个体血样中的5个miniSTR基因座进行遗传多态性分析。用分子克隆的方法构建等位基因分型标准物。结果5个基因座在河北汉族人群中分别检测出了8、8、7、5和8个等位基因,多态信息含量分别为0．790、0．720、0．750、0．630和0．850。结论5个基因座在河北汉族人群中有较高的多态信息含量,其分子克隆法制备的等位基因分型标准物具有较高的法医学应用价值。     

PowerPlex~(TM) 16体系在中国人群中罕见等位基因及其类型

目的 分析PowerPlexTM 16体系基因座在中国人群中的罕见等位基因及其类型。方法 应用PCR-STR和DNA序列分析技术,对4650个无关个体在15个STR基因座中的罕见等位基因进行检测。结果 在PowerPlexTM16体系中的D7S820、D16S539、Penta E基因座,检测到2种类型的罕见等位基因,而TH01、D21S11、D5S818、D13S317、Penta D、D8S1179、TPOX、FGA基因座检测出1种类型。其等位基因频率均较低(0.215‰-7.097‰)。结论 超出ladder范围的罕见等位基因序列比相邻等位基因增加(或减少)1个或数个重复单位,因碱基的插入或缺失的罕见等位基因出现在两等位基因之间。     

STR等位基因梯阶制备的研究

目的 建立制备STR的等位基因梯阶标准对照的新方法。方法 以T-质粒载体直接连接STR等位基因扩增产物,导入大肠杆菌,使其随大肠杆菌的无性繁殖而复制、扩增,获得单一DNA分子的大量拷贝;经PCR鉴定及测序分析后,制备出标准的STR等位基因梯阶对照(AL)。结果 所建方法制备出了标准AL;保存重组质粒及转染的大肠杆菌,可保证AL的大量快速制备,并能长期保存。结论 该方法制备的AL在法医物证检验中有很高的应用价值,对STR试剂盒国产化有重要意义。     

The different mobility of complementary strands depends on the proportion AC/GT

The electrophoretic mobility of DNA fragments on denaturing polyacrylamide gel depends on various factors. One of these is the base composition of a single-stranded DNA (ssDNA). We confirmed that one strand and its complementary strand of polymerase chain reaction (PCR) products migrated with different mobilities in all alleles detected at 12 out of the 13 short tandem repeat (STR) loci studied. The mobility differences between complementary strands (MD) were also observed regardless of end-polishing with Pfu DNA polymerase. MD was therefore not influenced by additional nucleotides to each strand of the PCR products. We then analyzed the relation between MD and the base composition using one representative allele at each of the 13 loci. The results indicated that MD was affected by the adenine plus cytosine (AC) content in the ssDNA and was proportional to the values of the AC content divided by the guanine plus thymine (GT) content in the AC-rich strand (the proportion AC/GT). When the proportion AC/GT was well-balanced, MD decreased. The same tendency was observed even in the end-polished strands. In this study, the electrophoretic mobility of an ssDNA on denaturing polyacrylamide gels was shown to depend on the proportion AC/GT. Unless the same side of the PCR products is labelled in the context of a PCR-based STR typing, distinct alleles may be mistaken for identical ones because of the different mobility of complementary strands. Accordingly, the labelled strand should be described if only one strand of the PCR products is detected. When using an allelic ladder marker as a size standard, the labelled side should be unified between STR alleles and the allelic ladder alleles.     

Polymorphism analysis of D19S253 locus in Guangzhou area population

Frequency data for STR system D19S253 were obtained from 105 unrelated individuals of Guangzhong population. PCR products were detected by horizontal native polyacrylamide gel electrophoresis and a total of 9 alleles were identified by side-by-side comparison with a sequenced allelic ladder prepared by ourselves. The observed genotype distribution conformed with Hardy-Weinberg equilibrium. The high information content found in this system(heterozygosity rate was 0.8353, the mean exclusion chance was 0.7499, the discrimination power was 0.9211, the polymorphism information content was 0.8203) indicated it is a useful means in forensic routine casework both in criminal and paternity cases.