20个STR基因座的种属特异性研究

确定本室常用的20个STR基因座对常见10种动物的种属特异性。20个STR基因座对10种常见动物血或软组织的DNA进行PCR扩增、聚丙烯酰胺凝胶电泳、银染色法进行DNA分型,测定各STR基因座的种属特异性。D11S554、SE33基因座对10种动物DNA,D12S391、CSF基因座对狒狒DNA,D19S253基因座对兔、狒狒的DNA,FGA基因座对兔、猴、狒狒的DNA均有PCR扩增产物,其片段长度与人的在同一电泳区内;DYS19基因座对10种动物的DNA,FES基因座对鸡DNA,PLA基因座对猪DNA,D21S11基因座对蛇、牛、狒狒的DNA有扩增产物,但其片段长度明显与人的不同。DYS389、DYS288、DYS390、D7S809、D13S631,TH01、vWA、AR、CD4、FABP基因座对鸡、猪等动物的DNA均无PCR扩增产物。在20个STR基因座中,10个基因座只对人DNA有扩增产物,有较好的种属特异性;8个基因座对人和部分动物均有扩增产物,但产物的片段大小与人的不同,在进行个人识别时,可以用其分析DNA的种属来源;2个基因座对人和动物均有扩增产物,且片段长度相近,在进行个人识别时,应先作DNA种属来源检查。     

3个miniSTR基因座在湖南汉族人群中的遗传多态性

目的建立扩增片段小于120bp,包括D10S1248、D2S441和D1S16773个miniSTR基因座的复合扩增系统,并调查其在湖南汉族人群中的遗传多态性。方法采用不同荧光染料标记引物,通过PCR扩增,利用ABI 310遗传分析仪对186份无关个体血样进行3个miniSTR基因座片段长度分析。结果D10S1248、D2S441和D1S1677 miniSTR基因座均获得了清晰的基因分型结果,经对186名无关个体进行分析,分别检出9、7、7个等位基因和21、19、15种基因型,基因型分布符合Hardy-Weinberg平衡。3个基因座在湖南汉族人群的非父排除率和个体识别力分别为0．465、0．491、0．361和0．886、0．899、0．818。结论建立的3个miniSTR基因座扩增系统在DNA高度降解检材分析中具有较高的应用价值,并且在湖南汉族人群中具有较好的遗传多态性,可应用于个体识别和亲权鉴定。     

8个miniSTR基因座复合扩增系统的建立及其应用

目的建立扩增片段〈200bp,包含CSF1PO,TH01,TPOX,D3S1358,FGA,D7S820,D21S11,PentaD 8个miniSTR基因座的复合扩增体系。方法采用四色荧光染料标记引物,PCR扩增后,应用ABI 3130遗传分析仪进行片段长度分析,对280例无关个体,137例疑难生物物证进行了检验。结果280例无关个体的调查结果为除1例在CSF1PO基因座外,其余样本的各基因座分型结果与AmpFLSTR Identifiler试剂盒完全相同。与应用ID试剂盒比较,明显提高了137例疑难生物物证的检出率。结论该检测技术方法稳定,结果准确,重复性好,且其判型结果可进行DNA数据库查询、比对,为刑事案件及灾难事故中疑难生物物证的检验提供了一条新的途径。     

3个miniSTR基因座荧光标记复合扩增体系的建立及应用

目的建立扩增片段小于115 bp,包括D1S1676、D6S1274和D17S1299 3个非CODIS系统的miniSTR基因座复合扩增系统,用于高度降解DNA样本的基因分型。方法采用不同荧光染料标记引物,通过PCR扩增,利用310遗传分析仪对100份成都汉族健康无关个体血样以及2份高度降解检材进行检测。结果荧光标记复合扩增D1S1676、D6S1274和D17S1299 3个miniSTR基因座,每个基因座均获得了清晰的基因型分型结果。100份样本,3个miniSTR基因座分别检出个9、9、7个等位基因和27、23、18种基因型,基因型分布均符合Hardy-Weinberg平衡。3个基因座在成都汉族人群的累积非父排除率、累积个体识别能力分别为0.9991和0.9160。结论本系统可以应用于个体识别和亲权鉴定,为DNA高度降解样本分型提供了新的方法。     

STR基因座荧光标记复合扩增检测及其法医学应用

目的建立荧光标记复合扩增检测4个STR基因座的方法,应用于法医学亲权鉴定与个人识别。方法用6-FAM标记D3S1754引物,HEX标记D4S2366和D12S375引物,TMR标记D1S549引物,PCR复合扩增,310基因分析仪电泳自动收集电泳结果数据,GeneScanAnalysisSoftware3.7NT计算扩增产物片段相对大小,Genotyper誖3.7NT软件进行样本基因型分型。将该方法应用于法医学亲权鉴定与个人识别。结果建立了荧光标记复合扩增检测4个STR基因座基因型的方法,具有良好的稳定性和较好的灵敏度,分型结果准确。结论研究建立的方法操作简便,分型结果稳定可靠,可用于遗传多态性研究和法医学亲权鉴定与个人识别。     

3个miniSTR基因座在高度降解检材中的应用及其遗传多态性

目的研究D1S1677、D4S2364、D10S1248 3个m in iSTR基因座在DNA高度降解检材中的法医学应用价值并调查河北地区汉族人群3个基因座的遗传多态性。方法对所有样本的3个基因座进行PCR扩增;PCR产物在AB I3100 Avant基因分析仪上电泳分离;GeneScan 3.7及Genotyper3.7软件分析结果。结果3个m in iSTR基因座均获得了清晰的基因型分型结果,扩增片段均小于125bp,分别检出7,5,8个等位基因和12,10,16种基因型,基因型分布均符合Hardy-W e inberg平衡。3个基因座在河北汉族人群的非父排除率和个人识别力分别为0.3530、0.3637、0.4901和0.7954、0.8113、0.8913。结论3个m in iSTR基因座在DNA高度降解检材的法医学分析中具有较高应用价值,并且在河北地区汉族人群中具有较好的遗传多态性。     

荧光标记复合扩增检测4个STR基因座多态性

目的建立荧光标记复合扩增D1S2142,D13S1492,D14S306,D15S659基因座检测分型方法,并对成都汉族群体4个基因座的遗传多态性进行调查。方法用6-FAM标记D1S2142和D15S659引物,HEX、TMR分别标记D14S306和D13S1492引物,PCR复合扩增,310基因分析仪电泳自动收集电泳结果数据,GeneScan Analysis Software3.7NT软件计算扩增产物片段相对大小,Genotyper(3.7NT软件进行样本基因型分型,建立了荧光标记复合扩增检测4个STR基因座基因型的方法,对145名成都汉族无关个体样本进行分型。结果荧光标记复合扩增D1S2142,D13S1492,D14S306,D15S659基因座,每个STR基因座都获得了清晰的基因型分型结果。145份样本,4个STR基因座分别检出10,14,7,12个等位基因和22,54,21,39种基因型,其基因型分布均符合Hardy-W e inberg平衡。4个基因座在成都汉族群体的杂合度分别依次为0.7793,0.8345,0.7793和0.8345;多态信息含量分别依次为:0.7656,0.8730,0.7470和0.8312。累计非父排除率为0.9783,累计个人识别机率为0.9999 917。结论荧光标记复合扩增D1S2142,D13S1492,D14S306,D15S659基因座,可实现对每个基因座准确分型;成都汉族群体该4个基因座的遗传学数据,可为群体遗传学和法医学研究与应用提供基础资料。     

抗污染扩增试剂在法医物证检验中的应用

客观、准确的法医遗传检验结果是作出准确鉴定意见的基础。随着检验设备、扩增检测试剂检验灵敏度日益增加,防控实验室污染、样品污染的压力与日俱增,其中PCR扩增产物对检测结果的污染最难防控。本文测试一款抗污染扩增试剂盒NH-18A,该试剂盒包含16个常染色体STR基因座,1个性别识别基因座（Amel）和一个Y染色体插入缺失基因座（Indel）,NH-18A通过STR复合扩增可得到含有尿嘧啶碱基的DNA片段,该类型的DNA片段在50℃时可被尿嘧啶DNA糖基化酶（UDG）高效水解,每次新一轮PCR扩增前增加一步50℃保温孵育可以彻底消除既往扩增产物对结果的污染威胁。经实验验证,NH-18A具有优异的抗扩增产物污染能力,且替换碱基扩增不改变DNA分型结果,检测灵敏度和DNA产物片段稳定性不降低,后续电泳分析不受影响。利用此试剂盒可以有效消除扩增产物对鉴定结果的污染。     

6个五核苷酸STR基因座荧光复合扩增体系的建立

目的 构建6个五核苷酸STR基因座荧光复合扩增体系。方法筛选6个多态性程度较高的五核苷酸STR基因座D10S2325、Penta B、Penta W、PentaX、Penta D和PentaE,按照复合扩增引物设计要求,重新设计引物并标记荧光染料,经反复调整和优化,构建6基因座荧光复合扩增体系,并用该复合扩增体系对239名武汉汉族无关个体进行分型。结果6个五核苷酸STR基因座荧光复合扩增体系分型稳定,可重复性好,与各自相应单基因座分型结果完全一致;累积个人识别率达0．999999988,累积非父排除率达0．998063807。结论本文构建的6个五核苷酸STR基因座荧光复合扩增体系具有很高的法医学实用价值,可作为商品化试剂盒的有效补充。     

9色荧光STR复合扩增体系的构建及验证

构建一套包含39个常染色体基因座及Amelogenin性别基因的9色荧光STR复合扩增体系，并验证其在微量与降解检材中的应用效果。根据中国人群核心基因座推荐标准及实际办案需要，筛选出合适的候选基因座，设计引物并以9种荧光染料对其进行标记，构建复合扩增体系并优化；对该体系进行灵敏度、种属特异性、稳定性等确证实验，并通过检验案件样本做进一步评估。结果表明：一套包含39个常染色体STR基因座及Amelogenin性别基因座（其中28个基因座<300 bp）的9色荧光复合扩增体系构建成功。各基因座均衡性良好，灵敏度达0.125 ng，对常见PCR抑制剂具备一定的耐受能力。两性混合样本最低检测比例为1∶4；适用于不同类型案件样本检测，且与市场上其他同类试剂盒比对分型结果一致，种属特异性较好。所构建体系首次采用9色荧光标记技术制成复合扩增试剂，一次性检出基因座数量多，系统效能高；该体系构成以miniSTR为主，对于微量降解检材具有较高的实际应用价值。     

中国汉族人群 8个 STR位点荧光标记同步检测及其频率分布

目的 对血液等微量生物学检材进行 8个 STR多态性位点及一个性别鉴定位点的复合检测 ,并调查了 350名中国汉族无关个体上述基因位点等位基因分布情况。方法 所选位点为 vWA、 TH01、 TPOX、 CSF1PO、 D5S818、 D13S317、 D7S820、 D16S539及性别鉴定位点 Amelogenin,应用荧光染料标记引物,利用 PE－ 377 DNA片段分析仪对扩增产物进行基因分型。结果 共检出 63个等位基因及两个性别决定基因 ,总鉴别机率（ TDP）值达 99.999 999 98％,对法医学常见极微量生物学检材的检测获得成功, DNA模板需要量为 0.5～ 1.0ng,通过家系调查,证明上述位点遗传稳定,符合孟德尔遗传规律。结论 上述 8个 STR多态性位点具备了个体认定能力 ,是对微量生物学检材进行个体识别鉴定的理想方法。     

温州汉族人群D7S2846、D19S400和D18S535基因座的遗传多态性研究

目的研究D7S2846、D19S400和D18S535位点在温州汉族人群的遗传多态性。方法EDTA抗凝血样采自194名无血缘关系温州地区汉族个体,用chelex-100法提取DNA,PCR扩增,聚丙烯酰胺凝胶电泳,银染显色分析。结果D7S2846观察到6个等位基因及15种基因型;D19S400观察到10个等位基因及36种基因型;D18S535观察到8个等位基因及26种基因型。各基因座的杂合度(H)分别为:0.644、0.724、0.772;个人识别能力(Dp):0.854、0.940、0.938。结论三个STR基因座具有较高杂合度,等位基因分布符合Hardy-Weinberg平衡,在法医学应用和群体遗传学研究中有较高的价值。     

荧光标记复合扩增毛细管电泳法在SNP分型中的应用

目的采用荧光标记复合扩增毛细管电泳法，对辽南地区汉族人群13个SNP进行等位基因频率调查，并评价其法医学应用价值。方法选择13个双等位基因SNP，应用荧光标记片段长度差异等位基因特异性复合扩增SNP分型方法，对辽南地区汉族人群进行群体调查。结果每个SNP纯合子为单一产物峰，杂合子则为长度不同的两个产物峰。不同位点扩增产物长度不同，根据产物长度和产物峰数量进行SNP分型，其结果与直接测序完全一致。同时获得辽南地区汉族人群13个SNP等位基因频率。结论采用荧光标记复合扩增毛细管电泳法进行SNP分型，方法简单实用，在法医学个人识别领域具有较高的应用。     

19个常染色体与4个Y染色体STR复合扩增体系的建立

目的建立19个常染色体STR及Amelogenin和4个Y染色体STR基因座复合扩增体系,并对其效能进行评估。方法用五色荧光标记20＋4Y—STR基因座,建立同步扩增检测体系,用ABI3130XL遗传分析仪对扩增产物进行电泳,GeneMapperID3．2软件进行基因分型;检测体系的灵敏度、均衡性、稳定性、特异性、同一性和稳定性,并观察混合、降解及微量检材的分型情况。结果采用本文体系,DNA模板量在0．05～1．00ng时,分型准确,均衡性、特异性好;混合、降解及微量检材分型正确。该19个常染色体STR基因座的累计个人识别率大于0．999999999,三联体累计非父排除率达0．999999985,Y—STR单倍型多态性为0．592。结论本文建立的复合扩增体系分型准确,稳定,在法医学案件检验及数据库建设等方面有良好的应用前景。     

荧光复合扩增4个Y染色体STR的单倍型及其法医学应用

目的建立一套Y染色体STR的双色荧光复合扩增系统,调查4个Y-STR基因座单倍型分布情况及其在混合斑物证检验中的法医学应用前景。方法荧光标记引物复合扩增Y-GATA-A10、DYS531、DYS557和DYS448四个Y染色体特异性STR基因座,并用ABⅠ310遗传分析仪对扩增产物进行检测、分型。结果在成都汉族120名无关男性个体中,四个基因座分别检出5、5、8、7个等位基因,共检出78种单倍型,单倍型基因多样性为0.9881。对3例本教研室不能用常规常染色体STR对男性成份作出同一认定的混合斑检材,该系统成功的作出了与嫌疑人血液Y-STR基因型一致的鉴定结论。结论建立的Y-STR荧光标记复合扩增系统具有很高的识别能力,对建立Y染色体STR数据库,研究群体遗传学和进行法医学混合斑物证鉴定有重要意义。     

壮族人群3个STR基因座基因频率分布及其法医学应用

研究3个STR基因座（D21S11、HumFGA、D19S253）在广西壮族人群中的基因频率分布及其在实际检案中的应用价值。以自制等位基因Ladder样品作为标准对照,用PCR结合PAGE技术对3个STR基因座的扩增产物进行分型。结果显示：D21S11基因座有14个等位基因,有44个基因型;HumFGA基因座有15个等位基因,40个基因型;D195253基因座有9个等位基因,23个基因型。经检验,3个STR基因座基因型分布均符合Hardy－Weinberg平衡,累计个体识别力（DP）为0．9995。3个STR基因座在壮族人群属高识别力遗传标记系统,在法医学个体识别及亲权鉴定方面有重要价值。     

ABO genotyping by mutagenically separated polymerase chain reaction

ABO blood groups were determined by the mutagenically separated polymerase chain reaction (MS-PCR). The products from two sets of PCR reactions using the same program for the nucleotides at positions 261 and 703 from cDNA at the ABO locus were used to distinguish A, B and O alleles. Two forward mutagenic allele-specific primers of different lengths for the ABO polymorphic site were paired with the same reverse primer in each PCR reaction. The 216 bp fragment of the PCR products for the 261th nucleotide was A or B allele-specific and the 195 bp fragment was O allele-specific. The 126 bp fragment of the PCR products for the 703th nucleotide was B allele-specific and the 106 bp fragment was A or O allele-specific. The ABO genotypes were determined by the intersection of the predicted alleles from these two PCR reactions. The PCR products were obtained using 10 ng of DNA in 50 μL of PCR reaction mixture, and electrophoresed in 4% agarose gel. In this study, 265 ABO-phenotype known samples (A: 31, B: 48, AB: 6 and O: 180) in Chinese were used. The results of ABO genotypes were AA: 1, AO: 30, BB: 2, BO: 46, AB: 6 and OO: 180. These results were confirmed by the PCR-RFLP ABO genotyping method. This technique is a simple, rapid, and reliable method for ABO genotyping.     

基于二代测序平台的微单倍型位点的分型研究

目的建立基于二代测序平台的微单倍型分型方案,调查其在中国南方汉族人群中的多态性,探讨其法医学应用价值。方法以20个微单倍型位点为研究对象,利用多重PCR构建靶向扩增子文库,以二代测序为检测手段,采用生物信息学方法构建个体微单倍型,最后进行多态性分析。结果总体测序量为2.12G,覆盖所有片段,平均覆盖深度为3353×。微单倍型内含72个SNP位点的观测杂合度范围为0.109~0.587,平均值为0.364;而20个微单倍型位点本身的观测杂合度范围为0.198~0.837,平均值为0.726,均高于SNP位点。20个微单倍型位点中仅一个位点未通过Hardy-Weinberg平衡检验,剩余19个位点的有效等位基因数值为3.119~7.170,多态信息含量为0.620~0.845,平均多态信息含量为0.711。19个有效微单倍型位点的匹配概率为0.044~0.181,累积匹配概率为3.132×10^-19。结论本次研究证实了19个微单倍型的参数效能与常用15个STR基因座相当,可独立应用于法医个体识别并具潜在混合物分析价值,该结果为法医遗传学实践提供更多选择。     

Sequence variation in humans and other primates at six short tandem repeat loci used in forensic identity testing

A large number of alleles from the six different short tandem repeat (STR) loci FGA, D3S1358, vWA, CSF1PO, TPOX and TH01, used in human identity testing were sequenced to provide support for the robustness of fluorescent STR DNA typing by allele size. Sequence information for some of these loci (FGA, vWA, TH01) is an extension of published work, whereas no extensive sequence information is available with respect to the D3S1358, CSF1PO, and TPOX loci. Sequencing of alleles at each locus has provided quantitative data with respect to the true nucleotide length of common alleles, and of alleles that vary in length from the common alleles. All alleles that were identified as "off-ladder" alleles through fluorescent typing at these STR loci have proven to be true length variant alleles. Sequencing at the D3S1358 and CSF1PO loci allowed for the establishment of a common nomenclature for these loci. A correlation between percent stutter and the length of the core tandem repeat is demonstrated at the FGA locus. Alleles in which the core tandem repeat is interrupted by a repeat unit of different sequence have a reduced percent stutter. DNA samples from three non-human primates (chimpanzee, orangutan, and gorilla) were compared to the human sequences, and shown to differ markedly across loci with respect to their homology. The effects of primer binding site mutations on the amplification efficiency at a particular locus, and methods used to interpret amplification imbalance of heterozygous alleles at a locus is also addressed.