性别鉴定中amelogenin基因座变异的研究进展

Amelogenin基因座变异,分为amelogenin引物结合区突变和包含amelogenin基因座的Y染色体微缺失两种类型,以后者最为常见。Amelogenin引物结合区突变的发生机制是核苷酸点突变,包含amelogenin的Y染色体微缺失的发生机制可能是非等位同源重组或者非同源末端连接。在全世界人群中,位于印度次大陆地区的印度人群、斯里兰卡人群和尼泊尔人群amelogenin变异率非常高。Amelogenin变异对生育能力和表型影响非常小,但在性别鉴定中会导致错误的性别鉴定结果。采用包含常染色体STR基因座、amelogenin基因座和多个Y-STR基因座的复合扩增试剂盒进行检测可有效避免因amelogenin变异导致的性别误判。     

疑似Amelogenin等位基因丢失的检测与分析12例

目的观察并分析亲权鉴定案件中Amelogenin等位基因丢失的案例,探讨Amelogenin等位基因丢失的类型、机制以及对性别鉴定的影响和应对方法。方法选择经Si Fa STRTM 23plex DNA身份鉴定系统检测,女性出现Amelogenin X的峰面积与相邻杂合子峰面积一致或低于相邻纯合子峰面积的1/2,男性出现Amelogenin X丢失的样本,进行X-STR分型及Amelogenin X测序,同时对出现Amelogenin Y丢失的男性样本,检测Y-STR分型及Y染色体性别决定区(sex-determining region of Y,SRY)进行验证。统计Amelogenin等位基因丢失的类型及丢失率,分析出现变异的机制及影响。结果 1例男性Amelogenin X等位基因丢失,经测序证实为引物结合区突变;4例女性疑似Amelogenin X等位基因丢失,经测序证实出现引物结合区突变的仅为1例。7例男性出现Amelogenin Y丢失,其中SRY阳性5例,SRY阴性2例。5例SRY阳性案件中4例可检出部分Y-STR分型,1例未检出Y-STR分型,2例SRY阴性案件均未检出Y-STR分型。Amelogenin等位基因丢失率约为0.029%。结论 Amelogenin X丢失不影响性别判定,Amelogenin Y丢失可能对性别造成误判,需要检测Y-STR或SRY来明确性别,对于未检出Y-STR分型且SRY检测为阴性的"男性",建议进行染色体核型分析及性别分化相关基因检测以进一步明确性别。     

Profiler Plus试剂盒扩增Amelogenin基因座变异1例

目的探讨日常检案及DNA数据库建设中常用的ProfilerPlus系统扩增法医生物检材可能出现的变异情况。方法分别采用ProfilerPlus试剂盒扩增、毛细管电泳分析及Amelogenin单基因座扩增、银染技术分型两种方法分别检测两份血痕的基因型。结果应用ProfilerPlus试剂盒扩增、毛细管电泳分析发现X-Y同源Amelogenin基因座的X片段丢失,而运用Amelogenin单基因座扩增、银染技术分型则X片段正常出现。结论应用ProfilerPlus系统分析法医生物检材,有可能出现等位基因丢失现象,此现象需要引起我们在日常检案及DNA数据库建设中的足够重视。     

人肺癌组织19个常染色体STR及性别基因座变异分析

目的观察分析人肺癌组织19个常染色体STR及性别基因座等位基因变异情况。方法收集72例人肺癌组织和相对应的癌旁正常肺组织,采用Chelex-100法提取DNA,Golden eye 20A试剂盒进行PCR扩增,3130XL DNA遗传分析仪检测STR型别。结果 72例癌组织中有30例(41.67%),在19个常染色体STR基因座及Amel基因座上检出83次变异,其中等位基因增加11次、变更2次,杂合等位基因完全性丢失20次,部分性丢失50次。常染色体基因座检出变异次数最多为D3S1358和CSF1PO(均8次),Amel基因座检出2次变异,TPOX基因座未检出变异。杂合等位基因部分性丢失最常见,占总变异次数的60.24%,在同一肺癌组织中多个基因座可同时发生变异。结论恶性肿瘤组织较常发生等位基因变异,进行STR分析时应慎重判型。     

27例Amelogenin基因等位基因Y丢失分析

牙釉质蛋白基因(Amelogenin,以下简称Amel)DNA技术是目前普遍采用的性别鉴定技术手段。在X-Y染色体同源引物扩增检测Amel基因图谱上,男性显示为双峰,获得X和Y染色体扩增产物;女性显示为单峰,获得X染色体扩增产物[1]。但Amel-Y缺失或异常都可导致无法获得Y染色体扩增产物,从而导致性别的错判,使侦查走向歧途[2]。     

连接酶链反应在人Amelogenin基因座检验中的初步研究

目的建立连接酶链反应（LigaseChainReaction，LCR）应用于法医学领域的初步方法探索。方法选择人Amelogenin基因座进行连接酶链反应。针对人染色体Amelogenin基因座Xp22．1一．3、Ypll．2上M55418、M55419的序列，自行设计特异引物，建立LCR最佳体系，对男性和女性Amelogenin基因座进行分型。结果巢式LCR能够对男性和女性Amelogenin基因座正确分型。结论LCR技术能够应用于人Amelogenin基因座分型，但尚需进一步简化和改进。     

X染色体上18个InDel多重PCR系统的建立

目的对X染色体上的插入/缺失(Insertion/Deletion,InDel)遗传标记进行研究,筛选18个基因座建立可用于中国汉族人群法医DNA鉴定的辅助分型系统。方法采用人类基因组浏览器和dbSNP数据库筛选得到18个X-InDel基因座,用Primer 3软件包设计多重复合扩增PCR引物,依据扩增片段长度分为3组,分别用FAM、HEX和TAMRA三种荧光素标记,建立多重PCR体系。对中国汉族和主要的四大少数民族(回族、维族、蒙古族和藏族)进行群体遗传学调查及对比分析。结果成功研制了一个包含18个X-InDel基因座和Amelogenin性别鉴定基因座的复合荧光多重PCR扩增体系,命名为InDel X-18PLEX系统。多态性调查显示这18个X-InDel基因座在5个主要民族中等位基因频率分布符合Hardy-Weinberg平衡,但各等位基因的频率分布差异具有统计学意义。在中国汉族人群中,该系统在女性群体和男性群体的累积个人识别率分别为0.999999 4、0.99988,在三联体和二联体的累积平均排除率分别为0.999992和0.99。结论 InDel X-18PLEX系统能够满足成为法医DNA鉴定辅助性试剂盒的要求,可以成为部分疑难案件的补充分析工具。     

多套试剂盒在亲权鉴定特殊案例中的应用

目的分析山东汉族人群21个常染色体STR基因座的遗传多态性,同时对用Goldeneye~ DNA身份鉴定系统25A和20A检测存在基因突变或等位基因丢失的案例进行分析。方法用Goldeneye~ DNA身份鉴定系统25A和22NC对山东汉族人群273个无关个体的40个常染色体STR基因座进行分型,对其中21个STR基因座的遗传多态性进行分析。同时对6个存在基因突变的案例增加检测Goldeneye~ DNA身份鉴定系统22NC、20Y、17X。另外3个存在等位基因丢失的案例,用Amp FlSTR~ Identifiler~ Plus PCR扩增试剂盒验证并测序分析。结果获得山东汉族人群21个常染色体STR基因座的遗传学参数。增加到40个常染色体STR基因座:5个存在基因突变的案例可达到鉴定要求,X-STR或Y-STR分型结果一致;另外1个可能基因突变的二联体案例,共有6个基因座的基因分型在被检父找不到生物学来源,两人的Y-STR基因分型相同,说明来自同一父系,但通过常染色体分型排除父子关系。2个在D18S51基因座存在等位基因丢失的案例,经基因测序分析,在相应的引物结合区被检母和孩子存在碱基的突变或丢失;另1个被检母和孩子在D13S317基因座存在等位基因丢失的案例,通过Amp FlSTR~ Identifiler~ Plus PCR扩增试剂盒检测得到确认。结论山东汉族人群21个常染色体STR基因座有较高的遗传多态性,可用于日常的亲权鉴定案例。对部分存在基因突变的二联体案例,Goldeneye~ DNA身份鉴定系统25A无法满足鉴定要求,应适当增加常染色体STR基因座的检测个数。对于存在等位基因丢失的案例,改用不同公司的试剂盒或进行基因测序可以解决。     

15个常染色体和10个Y-STR基因座复合扩增试剂盒的研发

目的建立法医物证学常染色体和Y染色体综合检测的方法。方法选择常用的常染色体STR基因座和Y染色体STR基因座,设计复合扩增引物,形成五色荧光标记复合扩增试剂盒。结果开发出一个五色荧光标记复合扩增试剂盒,可同时对15个常染色体STR基因座、1个性别基因座和10个Y染色体STR基因座进行分型检测。结论 15个常染色体STR加10个Y染色体STR检测试剂盒结合毛细管电泳凝胶进行STR分型,结果准确可靠,在法医学案件检验及数据库建设等方面有良好的应用前景。     

9色荧光STR复合扩增体系的构建及验证

构建一套包含39个常染色体基因座及Amelogenin性别基因的9色荧光STR复合扩增体系，并验证其在微量与降解检材中的应用效果。根据中国人群核心基因座推荐标准及实际办案需要，筛选出合适的候选基因座，设计引物并以9种荧光染料对其进行标记，构建复合扩增体系并优化；对该体系进行灵敏度、种属特异性、稳定性等确证实验，并通过检验案件样本做进一步评估。结果表明：一套包含39个常染色体STR基因座及Amelogenin性别基因座（其中28个基因座<300 bp）的9色荧光复合扩增体系构建成功。各基因座均衡性良好，灵敏度达0.125 ng，对常见PCR抑制剂具备一定的耐受能力。两性混合样本最低检测比例为1∶4；适用于不同类型案件样本检测，且与市场上其他同类试剂盒比对分型结果一致，种属特异性较好。所构建体系首次采用9色荧光标记技术制成复合扩增试剂，一次性检出基因座数量多，系统效能高；该体系构成以miniSTR为主，对于微量降解检材具有较高的实际应用价值。     

Y染色体Amelogenin基因变异1例

性别鉴定是法医物证学的一项重要检验,准确的性别鉴定能给案件侦破提供非常有价值的侦查线索。目前应用DNA检验技术进行性别鉴定最常用的是用一对X-Y同源引物,扩增Amelogenin片段,男性个体获得X染色体和Y染色体特异的2种产物片段,而女性仅有X染色体特异的1种产物片段,从而可以区分性别[1]。对于现场检材,一旦确定性别即为个体识别提供了50%的否定率[2]。但这种检验方法有时会因Amelogenin基因变异而出现误判,现报道1例。1案例资料某民宅内发生一宗入室抢劫杀人案,死者王某,男,68岁,孤寡老人。现场有明显搏斗痕迹,经法医鉴定王某系被人用…     

男性个体Amelogenin基因座Y片段缺失1例

在法医学实践中．扩增Amelogenin基因是进行生物样本的性别鉴定的主要方法，并为大多数的商品化法医鉴定试剂盒如AmpFlSTR IdentifierTM（ABI）、PowerPlex（Promega）等所采用。但个体的Amelogenin基因如果发生突变，致X或Y特异片段扩增失败，则可能导致错误的性别判定。     

常染色体STR、X染色体STR鉴定姐妹关系一例

法医DNA技术发展至今．利用常染色体STR进行父子、母子亲缘关系鉴定已很常见。但近年来．由于双亲皆无或双亲皆疑时,在认亲、遗产继承等案件中往往需要做同胞关系鉴定。笔者运用PCR—STR技术分别对两女性个体进行常染色体STR基因座、X染色体STR基因座分型,成功为当事人解决姐妹亲缘关系认定。现报道如下。     

联合应用STR和SRY基因分型技术分析性分化异常者

目的对Amelogenin分型结果为“X,X”的一名“男孩”进行性别确认。方法采用STR检测和SRY基因检测技术进行分析。结果孩子STR、X-STR的检验结果符合女性性别特征,SRY基因检测结果为阴性。结论应用STR、X-STR检测和SRY基因检测技术可以确证“男孩”Amelogenin基因座结果为“X,X”,推断其患有“46,XX”男性性反转综合症。     

多重置换扩增技术用于法医学微量DNA检测效果

目的探讨多重置换扩增(MDA)技术对法医学微量DNA样品STR检测分型的效果。方法用MDA技术对不同模板量DNA进行全基因组扩增(WGA),扩增产物用实时荧光定量PCR技术定量、用Profiler PlusTM试剂盒检测基因型。结果该方法可对模板DNA增加104～106倍。1ng样品DNA的MDA产物可获得9个STR基因座和Amelogenin性别基因座的准确分型结果;低于0.1ng的样品DNA经MDA扩增后,基因座检出数增加,但可见等位基因不平衡或丢失现象。结论MDA技术可有效增加DNA模板量和提高微量DNA分型效果。但样品DNA量低于0.1ng时,MDA产物的STR分型结果判读须慎重。     

1例Turner患者Amelogenin和STR基因座分型及核型分析

应用Amelogenin基因座和染色体核型分型技术,对一名10岁,社会性别为女性、Amelogenin基因座为＂X,Y＂的儿童进行亲子鉴定,结果否定女童的亲子关系并判断女童是Turner综合征患者,现报道如下。     

15个常染色体和18个Y染色体STR基因座复合扩增检测体系及法医学应用

目的建立15个常染色体和18个Y染色体STR基因座以及性别基因座的六色荧光标记复合PCR直扩检测体系,并评估其法医学应用价值。方法采用六色荧光标记技术,建立15个常染色体STR基因座(D3S1358、D13S317、D7S820、D16S539、TPOX、TH01、D2S1338、CSF1PO、D19S433、v WA、D21S11、D18S51、D8S1179、D5S818、FGA)和18个Y染色体STR基因座(DYS527a/b、DYS448、DYS456、DYS385a/b、DYS458、DYS391、DYS390、DYS19、DYS438、DYS393、DYS389Ⅰ、DYS439、DYS389Ⅱ、DYS392、GATA、DYS635)以及Amelogenin的复合扩增体系,收集800份无关人员血样进行基因座检测,评估所建复合扩增体系的稳定性、灵敏度、种属特异性、直扩可行性以及抗抑制性。结果本检测体系对800份无关人员血样复合扩增后,结果准确,灵敏度达0.125ng;种属特异性高;38份案件检材全部准确分型。在对照男性与女性的DNA浓度比值大于等于1:4时,男性DNA的所有基因座均能准确分型。若模板DNA中含一定浓度的已知抑制剂时,所有基因座也均准确分型。结论本文建立的复合扩增检测体系可同时检测15个常染色体和18个Y染色体基因座以及性别基因座,结果稳定准确,灵敏度高,可为法医DNA检测分析提供一个新选择。     

多重置换扩增技术用于法医学微量DNA检测效果

目的探讨多重置换扩增（MDA）技术对法医学微量DNA样品STR检测分型的效果。方法用MDA技术对不同模板量DNA进行全基因组扩增（WGA）．扩增产物用实时荧光定量PCR技术定量、用Prrfiler Plus^TM试剂盒检测基因型。结果该方法可对模板DNA增加10^4～10^6倍。1ng样品DNA的MDA产物可获得9个STR基因座和Amelogenin性别基因座的准确分型结果；低于0．1ng的样品DNA经MDA扩增后，基因座检出数增加。但可见等位基因不平衡或丢失现象。结论MDA技术可有效增加DNA模板量和提高微量DNA分型效果。但样品DNA量低于0．1ng时，MDA产物的STR分型结果判读须慎重。     

Amelogenin基因遗传变异及其法医学应用研究进展

人类牙釉质蛋白基因(Amelogenin, AMEL)为X、Y染色体同源基因,分别称为AMEL-X和AMEL-Y。根据二者在扩增序列大小的不同可以确定性别,在法医学实践和临床医学等应用中具有重要意义。但是,AMEL基因在不同个体和人群中的遗传变异而导致性别决定并不是100%准确;通常由于特异性产物扩增异常,有可能导致性别错判。本文重点从AMEL基因的遗传变异、分型技术、以及引起性别误判的应对策略方面进行综述。     

扩增Amelogenin基因用于生物检材种属鉴定

目的扩增Amelogenin基因测定血痕或组织的种属,以确定在法医学检验中的应用价值。方法收集猪、羊、马等10几种常见动物的血痕或肌肉组织,应用PCR扩增Amelogenin基因,PAGE电泳,银染后观察结果。结果哺乳动物猪、牛、狗、羊、马、驴动物血痕扩增产物为1条带,片段长度102bp。猕猴检见106bp和112bp两条带,与人血痕没有区别。兔、猫、鼠血痕未检出特异性片段。其它常见物种鳝鱼、青蛙、鸭、鹅、鸽、鹌鹑、麻雀等均未见扩增产物。结论扩增Amelogenin基因进行种属鉴定,方法简单,灵敏度高,可应用于法医检案。