猪伪狂犬病病毒SL株gK基因的生物信息学分析

对猪伪狂犬病病毒(PRV)四川分离株(SL株)gK基因进行分子克隆,并利用生物信息学软件对gK基因进行了同源性、遗传进化树、密码子偏向性、蛋白质二级结构预测及抗原表位分析。结果显示,成功克隆了PRVSL株gK全基因,其编码区长939bp,编码313个氨基酸残基,与其他PRV分离株核苷酸序列同源性为97.6%～99.9%,与国外分离株的同源性略高于国内分离株。gK基因存在4个跨膜区及1个明显的CpG岛。表明成功克隆了PRVSL株gK基因,该基因具有潜在的抗原性。     

大熊猫轮状病毒CH-1株VP1基因的克隆和生物信息学分析

为研究大熊猫源轮状病毒(RV)CH-1株外衣壳蛋白VP1基因的结构及功能,采用MA-104细胞增殖大熊猫源RV,提取总RNA,运用RT-PCR扩增VP1基因,将阳性克隆进行测序,用生物信息学软件预测其功能,并构建系统进化树。结果显示,成功获得了长3 287bp的GPRV VP1蛋白基因(GenBank登录号:HQ641297);经生物信息学分析,此序列包含有一个3 267bp的完整开放阅读框,编码1 089个氨基酸;无信号肽;无跨膜区,其整个蛋白都位于病毒膜外区;抗原表位预测显示VP1蛋白有41个抗原表位;系统进化树分析显示大熊猫轮状病毒CH-1株VP1基因与猪A组轮状病毒VP1基因的进化距离最近。本研究成功获得了大熊猫源RV VP1基因,为今后研究此基因的生物学功能奠定了基础。     

猪生殖与呼吸综合征ORF5基因疫苗的构建及其安全性和免疫原性检测

克隆了猪生殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)SC2株ORF5基因。测序分析表明SC2株属美洲型PRRSV。构建的ORF5基因疫苗经脂质体转染Marc 145细胞后,第26h检测到疫苗蛋白的特异性表达,第56h达到高峰。疫苗肌肉注射小鼠和仔猪后能迅速分布到各组织器官中,未发现核酸疫苗与宿主细胞染色体整合现象;且能使仔猪产生体液和细胞免疫应答,免疫期持续135d以上。结果表明,构建的PRRSVORF5基因疫苗具有良好的安全性和免疫原性。     

猪巨细胞病毒四川株gB基因的克隆表达及抗原性分析

为研究猪巨细胞病毒(PCMV)SC株gB蛋白的免疫学活性,采用PCR扩增PCMV SC株gB全基因和不含跨膜区及信号肽的gB基因片段,将后者克隆至pET-30a(+)载体,转化Rosetta(DE3)感受态细胞,经IPTG诱导以获得高效表达。将纯化蛋白免疫家兔制备多克隆抗体,分别用琼脂扩散试验和Western-blot对多克隆抗体和复性的gB蛋白进行检测。结果显示,扩增的PCMV gB基因全长2 580bp,编码860个氨基酸。与国内外参考株的核苷酸和氨基酸序列相似性分别为97.8%～99.5%和96.6%～99.0%;与其他9株β疱疹病毒核苷酸和氨基酸序列相似性分别为33.3%～41.4%和13.3%～49.4%;系统进化分析显示,PCMV与人疱疹病毒6型和7型属于一个分支。gB肽链N端1～23位氨基酸为信号肽,729～751位氨基酸间含有跨膜区。构建的表达载体pET30a-gB-B在Rosetta(DE3)感受态细胞中经IPTG诱导后以包涵体形式表达出大小约80ku的蛋白。所制备的血清琼扩抗体效价为1∶16,Western-blot显示重组gB蛋白可与PCMV阳性猪血清反应。结果表明,PCMV gB基因较为保守,与国内外不同地区的PCMV毒株具有较高的相似性,所表达的重组蛋白具有很好的抗原性。     

一株猪源1型呼肠孤病毒的分离及鉴定

为了研究猪呼肠孤病毒的分子生物学特性,通过在细胞培养液中添加胰酶的方法,从仔猪腹泻粪样中分离、纯化并鉴定了1株能在Vero细胞上稳定产生细胞病变,以细胞颗粒增多、肿胀、漂落等细胞病变为主要特征的猪源1型呼肠孤病毒SHR-A株。根据呼肠孤病毒的理化特性,对病毒进行初步纯化,然后进行电镜观察、核酸提取、RNA电泳、RT-PCR、各病毒基因扩增和克隆测序等常规病毒学鉴定。SHR-A株S1基因的同源性分析和核苷酸系统发育进化树分析表明,该病毒与哺乳动物呼肠孤病毒血清1型的同源性较高,而与血清2型和3型的同源性较低,因此初步判断该SHR-A株为血清1型,为国内首次报道从猪体内分离到血清1型的呼肠孤病毒。进一步分析发现,SHR-A的S1基因全长为1 465bp,其3′-UTR为3型,其余部分则为1型,说明其S1基因是1型和3型的嵌合体,此结果表明,哺乳动物呼肠孤病毒作为RNA病毒,基因重组可能是其除基因突变和基因重排以外的第3种病毒变异进化的重要方式。     

伪狂犬病病毒Min-A株gE基因的克隆及序列分析

参考GenBank中伪狂犬病病毒 (PRV) gE基因的序列设计了 1对引物 ,对PRVMin A株进行了PCR扩增 ,扩增产物克隆于 pGEM TEasy载体。对重组质粒进行限制性内切酶分析和基因测序 ,证实了克隆片段的可靠性。测序结果表明 ,目的片段包含 1个 174 0bp的开放性阅读框(ORF) ,编码由 5 79个氨基酸组成的多肽。同源性分析表明 ,PRVMin A株与PRVEa株、SH株gE基因的核苷酸同源性分别为 99.2 %、98.7% ;推导氨基酸的同源性分别为 98.6 %、97.2 %。     

猪输血性传播病毒2型全基因组的克隆与序列分析

为了监测猪输血性传播病毒2型(TTV2)的疫源和进化情况,为进一步研究TTV2的形态结构、遗传变异和基因功能奠定生物学基础,参照国外发表的猪输血性传播病毒(TTV)全基因组核苷酸序列(GU456386.1),设计3对特异性引物,采用巢式PCR对采自四川省的疑似猪输血性传播病毒感染的血清样品进行TTV全基因组的克隆、测序和拼接,并对其进行同源性分析和遗传进化分析。结果显示,该基因组全长2 802bp,与国内外参考株同源性介于87%～96%之间,ORF1的同源性介于81%～95%;ORF2的同源性较高,介于93%～99%之间。系统进化树分析表明,该分离株与美国株PTTV2c-VA的同源性高达96%。结果表明,该毒株为TTV2,与国内外参考株有一定的相似性。     

猪胸膜肺炎放线杆菌外膜脂蛋白基因的克隆及序列分析

以国内主要流行的猪胸膜肺炎放线杆菌 (APP)QH 1、HN 7菌株的基因组DNA为模板 ,通过PCR方法扩增出外膜脂蛋白 (OML)基因片段 ,然后将其克隆至 pMD18 T载体中 ,经酶切和PCR鉴定 ,对阳性克隆进行序列测定。将测序结果分别与标准菌株进行比较 ,QH 1株的核苷酸序列与血清 1、9、11、12型参考株的同源性达 99.1%～ 99.9% ;HN 7株的核苷酸序列与血清 7、3、4、6型参考株的同源性达 97.3%～ 10 0 % ,与其他血清型参考株的同源性较低。     

副猪嗜血杆菌部分体内诱导基因的筛选

用Sau3AⅠ酶切副猪嗜血杆菌(HPS)SC-1株基因组,回收500～2000bp的片段,并与pRSETa/b/c载体连接,构建了HPSSC-1株基因组表达文库;将攻毒后不同时间的猪血清混合,分别与体外培养的HPSSC-1和大肠杆菌BL21的全菌、超声裂解产物及热变性裂解产物进行吸附,用ELISA检测吸附效果,并用Western-blot进一步验证;再用经过吸附的混合血清对HPSSC-1基因组表达文库进行菌落原位免疫杂交筛选;对筛选出来的阳性克隆进行测序和生物信息学分析。结果显示,构建的副猪嗜血杆菌基因组文库库容量为1.2×104CFU;混合血清经过吸附后,D450nm由0.384下降到0.220。Western-blot结果显示,经吸附的血清与HPSSC-1株超声裂解产物无任何条带;通过原位免疫印迹筛选获得5个阳性克隆;阳性克隆测序结果经DNAMAN分析初步推测出5个可能具有生物学意义的开放阅读框,BLAST分析表明,这些序列与GenBank中的副猪嗜血杆菌相应基因的同源性在99%以上,分别涉及副猪嗜血杆菌的酪氨酸磷酸酯酶、异亮氨酰-tRNA合成酶、荚膜多糖输出蛋白及2个假定蛋白。结果表明,应用体内诱导抗原技术从副猪嗜血杆菌SC-1株基因组表达文库中成功筛选出5个阳性克隆,其中部分基因可能与毒力相关。     

猪盖他病毒的分离鉴定及其灭活疫苗免疫效力的研究

为分离、鉴定猪盖他病毒(GETV)并对其灭活疫苗的免疫原性和免疫保护性进行评价,本研究对猪腹泻病样品进行了二代测序,用Vero细胞分离病毒并进行了qRT-PCR和IFA鉴定及遗传进化分析;用该分离株制备油乳剂灭活疫苗,并在猪体进行了免疫抗体水平测定和免疫攻毒保护研究。结果显示,二代测序检测出腹泻样品中存在GETV;经细胞分离、qRT-PCR和IFA鉴定证实,成功分离到一株猪源GETV,将其命名为GETV JS18株;该分离株与我国其他猪源分离株同属于基因Ⅲ型,与我国2017年分离株AH9192株的亲缘性最近,序列同源性为99.7%。GETV JS18株以0.005 MOI接种Vero细胞48 h毒价最高,达7.6±0.2 Log_(10)TCID_(50)/m L;该毒株制备的油乳剂灭活疫苗免疫仔猪,可有效阻止GETV感染引起的临床症状和平均日增重(ADWG)下降,降低GETV感染引起的病毒血症并阻止排毒和组织带毒,对攻毒保护率为100%;疫苗免疫后的平均中和抗体滴度最高可达9.8±0.8 Log2,且持续较高水平至少7个月。上述结果表明,本研究成功分离了一株猪源基因Ⅲ型GETV JS18株,其油佐剂灭活疫苗具有良好的免疫保护效力和免疫持续期。     

重庆市山羊博尔纳病病毒P24基因的检测

为了解重庆市山羊博尔纳病隐性带毒情况,分析博尔纳病病毒(BDV)的种系来源。采用巢式逆转录酶PCR结合荧光定量PCR(FQ-nRT-PCR)技术对重庆市60只山羊外周血单核细胞 (PBMCs)及脑组织中的BDV P24基因片段进行了检测,将阳性产物测序,并与国外BDV毒株进行了比较。结果,山羊外周血检测阳性率为8．3％(5／60),脑组织检测阳性率为10％(6／60)。该 BDV P24片段核苷酸序列与马源BDV H1766株同源性最高,达96．51％,与标准株Strain V和 He／80同源性为95．35％,并且编码的氨基酸序列也相同。表明,重庆市山羊中存在动物源性博尔纳病隐性带毒。该BDV P24核苷酸序列与Strain V和He／80株具有高度同源性。     

J亚群禽白血病病毒的LTR体外启动活性分析

为分析J亚群禽白血病病毒LTR基因的体外启动活性,将其克隆至含有萤光素酶报告基因的pGL3栽体中,构建了LTR重组质粒及其缺失不同区段的重组质粒,转染DF-1细胞测定萤光素酶的表达情况.结果显示,缺失U3时萤光素酶的表达量明显降低,缺失U5时萤光素酶的表达反而上升,这表明U3区可能具有强启动子功能,而U5区可能具有负调...     

鹅IL-18基因的克隆和原核表达及其多克隆抗体的制备

参考GenBank中鸡、火鸡和鸭IL-18基因序列,设计了1对特异引物,以提取的鹅脾细胞总RNA为模板,应用RT-PCR扩增、克隆鹅IL-18基因中间的333bp序列。序列分析结果表明,其与鸭IL-18基因对应序列相似性最高,达99%。参考鸭IL-18全基因序列设计上、下游引物各3条,以梯度PCR探索扩增、克隆鹅IL-18全基因。以上述策略成功扩增、克隆了3个广东地方杂交品种鹅的IL-18基因。序列分析表明,这3个杂交品种鹅的IL-18基因序列一致,长642bp,含一个603bp的ORF,编码200个氨基酸,分子质量为23.2ku。ORFN端的30个氨基酸为前导序列,其余170个氨基酸为功能蛋白序列。在GenBank中注册了第一条鹅的IL-18基因序列,登录号为EF159728。随后,构建了鹅IL-18基因ORF的重组原核表达质粒pET-GIL-18,经诱导表达、纯化获得重组鹅IL-18融合蛋白,并以其制备了兔抗重组鹅IL-18多克隆抗体。     

鸡传染性支气管炎病毒中国分离株S1基因的序列分析

采用RTPCR方法扩增了12株鸡传染性支气管炎病毒中国分离株的全长S1基因,并进行了序列分析。通过与GenBank中登录的其他IBV参考毒株S1基因序列比较,进行了系统进化分析。结果表明,12株分离毒株属于同一个进化群的2个不同进化亚群。其中11株分离株与国内一些分离株亲缘关系最近,属于同一进化亚群,而广西分离株GX041则与欧洲毒株4/91亲缘关系较近,属于另一亚群。这些结果说明,中国各地的流行毒株变异较大,实际免疫中要根据流行毒株的特性选择合适的疫苗株来进行。     

猪细小病毒YK株NS1基因的克隆与序列分析

提取猪细小病毒(PPV)YK株基因组DNA,利用PCR技术扩增得到了NS1基因全序列,将其克隆到pMD18-T质粒载体并进行了序列测定和分析。结果表明,NS1基因全长1989bp,编码662个氨基酸。氨基酸序列中含有在PPV复制过程中起重要作用的保守基序GKRN,并有3个潜在的糖基化位点NISN、NFSN和NLTR。PPVYK株的NS1基因与其他PPV毒株NADL-2(4973)株、NADL-2(5075)株、NADL-2(5034)株和Kresse株相比,核苷酸同源性分别为98.3%、99.9%、99.9%和99.7%,氨基酸同源性分别为99.7%、99.7%、99.7%和97.7%。结果说明,NS1基因具有高度保守性。     

牦牛舌抗菌肽基因cDNA的克隆及其在生殖系统中的表达

为了解牦牛舌抗菌肽(LAP)基因序列的特征及其在生殖系统中的表达情况,采用RT-PCR法从牦牛睾丸、附睾组织中扩增LAP基因,重组到pMD19-TSimple载体中,进行了测序和序列分析,并应用RT-PCR检测了雌性牦牛生殖系统(卵巢、输卵管、子宫、阴道等组织)中LAPmRNA的表达。结果显示,克隆的LAP基因包含一195bp的完整开放阅读框(ORF),与牛LAP基因相似性达97.9%,该ORF编码的64个氨基酸含有β-防御素特征性结构,即6个在特定位置上的保守半胱氨酸残基;LAP在牦牛生殖系统上皮组织中均有表达。推测LAP在牦牛生殖系统的先天免疫中具有重要作用。     

鹅细小病毒VP1基因的克隆及序列分析

参照GenBank中收录的鹅细小病毒 (GPV)B株基因序列设计并合成了扩增GPVH1株VP1的 1对引物 ,利用PCR技术扩增出长约 2 .2kb的目的片段 ,将其克隆到 pMD 18 T载体上 ,进行了序列测定及分析。测序结果表明 ,GPVH1株VP1基因由 2 199个核苷酸组成 ,编码 732个氨基酸。经与B株、YG株进行同源性比较 ,核苷酸的同源性分别为 98.5 0 %和 93.18% ;推导的氨基酸同源性分别为 98.0 9%和 95 .77%。     

禽流感病毒N8亚型神经氨酸酶基因的克隆和全序列分析

用SPF鸡胚增殖禽流感病毒A/Duck/Australia/341/83(H15N8),通过RT-PCR获得了NA基因全长,连接并转化,增菌培养后,提取阳性质粒进行序列测定,获得了禽流感病毒N8亚型的NA基因序列,分析了NA8基因与其他流感病毒神经氨酸酶基因的相互关系。结果显示,所获得的NA基因片段全长1459bp,最大开放阅读框编码457个氨基酸残基,经Blast分析,该基因与GenBank中其他13株N8亚型毒株的NA基因核苷酸序列同源性为91.6%～73.3%。与其他8个N1～N9亚型NA基因进行遗传演化分析,N8亚型与N5亚型NA基因的亲缘关系最近,与N3亚型NA基因的亲缘关系最远。结果表明,禽流感病毒N8亚型NA基因序列的测定对N8亚型流感病毒的诊断和预防具有重要意义。     

鸭源H9N2亚型流感病毒NS基因的克隆及表达

根据GenBank中收录的H9N2亚型流感病毒的NS基因序列设计合成了 1对引物NSU/NSL ,利用RT PCR扩增出了H9N2株NS基因 ;将该基因片段克隆到 pMD 18 T载体上 ,并对所得到的重组质粒进行酶切分析及序列测定。结果 ,获得了NS基因片段的阳性重组子 ,扩增的NS基因包含NS1基因完整的阅读框架和部分NS2基因 ,其序列与GenBank中收录的其他分离株NS基因比较 ,同源性达 96 %～ 99%。再将克隆的NS基因插入到原核表达载体 pET 2 8a后 ,转化E .coliBL2 1(DE3)感受态细胞 ,在IPTG诱导下获得了预期的蛋白表达 ,所表达蛋白质的分子质量约为 30ku。