三个STR位点复合扩增多态性及法医学应用

STR（shorttandemrepeat），即短串重复序列，广泛存在于人类基因组中，平均每15kb就存在一个STR位点，为法医个体识别和亲子鉴定提供了丰富的遗传标记[1,2]。复合扩增多个多态片段长度不重叠STR位点，可以节约检材，提高单次PCR扩增的信息量。现将我们对三个STR位点（HHUMCSFIPO[AGAT]a，HUMT－POX[AATG]a，HUMTH01[AATG]a）复合扩增分型的研究以及在法医学中应用报道如下。材料和方法一、实验材料无关个体血样取自北京地区汉族个体，家系取自北京郊区两家庭，血痕、混合斑、毛发等为实验室积累，同一个体不同组织脏器…     

复合扩增D16S539、D7S820、D13S317基因座的DNA分型及法医学应用

通过对3个位于不同染色体上的STR基因座（D165539,D7S820,D13S317）所组成的复合扩增体系的DNA分型研究,以期在实际法医物证检验中增加检验基因座,以提高总的个体识别率。笔者运用复合扩增技术,经4％变性聚丙烯酸胺凝胶电泳分离扩增产物和银染检测,首次对108个无关中国人个体的D16S539,D7S820,D13S317基因座进行研究,检测出中国人群中3个基因座的等位基因数均为7个;偶合率P（m）分别为0．0847、0．0740、0．0741;个体识别率DP值分别为0．9153、0．9260、0．9259;杂合度分别为77．7％、79.1％、79．3％;各基因座亲子关系指数PItypical分别为2．24、2．39、2．42。3个STR基因座总的个体识别率很高,达0．9995;总的亲子关系指数PItypical达12．96;所有基因座经卡方检验符合Hardy－Weinberg平衡。通过以上数据可以看出,D165539,D7S820,D13S317基因座所组成的复合扩增体系在中国人群中等位基因分布较好,个体识别率很高,适合用于法医个体识别及亲子鉴定。     

中国德昂族9个STR基因座的遗传多态性

<正> 人类基因组由约30亿个碱基对组成,其中短串联重复序列(Short tandem repeat STR)一般由2～7bp为单位组成核心序列重复排列[1]。人类基因组中每15～20kb就出现1个STR基因座。 聚合酶链式反应分析时,STR等位基因片段大小一般为100～500bp。由于扩增的片段短,可多基因座复合扩增,不仅灵敏度高,而且方便快捷,已广泛应用于个体识别、亲权鉴定、考古、基因诊断等方面,是目前最理想的DNA遗传标记[2]。本研究选择的D3S1358、vWA、FGA、,TH01、TPOX、CSF1P0、D5S818、D13S317、D7S820基因座,个体识别率高,均为美国法庭科学PCR检验金标准位点[3]。本文作     

D8S1179位点扩增不平衡

短串联重复（shorttandemrepeat，STR）是目前法医学上个体识别中应用最广泛的遗传标记。STR的分型多数采用扩增片段长度多态性（amplifiedfragmentlengthpolymorphism，Amp－FLP）分型技术。由于各种原因，不同的STR等位基因的PCR扩增效率并不总是相等，使杂合子个体的两个等位基因间可能出现扩增不平衡的现象。本文报道４例D８S１１７９位点扩增不平衡的现象。１材料与方法１．１标本来源４个血样本的DNA用酚／氯法提取。１．２D８S１１７９位点的分型１．２．１聚丙烯酰胺凝胶银染法检测引物按照STRBase（http：／／www．cstl…     

汉族12个STR位点群体遗传学调查

目的240个汉族无关个体12个STR位点基因频率调查及其法医学应用;方法采用12位点复合扩增及变性聚丙烯酰胺凝胶电泳基因分型;结果该系统12个STR基因位点在汉族人群中均为高识别率位点,特别适合于陈旧血痕检验;结论12位点STR-PCR复合扩增系统检测方法简便,经济实用,在法医个体识别和亲子鉴定中具有应用价值。     

犬11个STR基因座的遗传多态性

目的调查犬11个STR基因座的群体遗传多态性。方法应用自主构建的犬11个STR基因座（PEZ1、PEZ2、PEZ3、PEZ5、PEZ6、PEZ8、PEZ12、FH2010、FH2054、FH2132和FH2611）荧光复合扩增体系，扩增105只犬的样本，统计各基因座扩增结果，并分析其群体遗传参数。结果11个STR基因座的累积非父排除率和累积个体识别率分别为0．9330621和0．9999999．平均杂和度和平均多态信息含量分别为0．502和0．640。结论该11个犬STR基因座的遗传多态性较好，可以有效用于犬的个体识别和亲权鉴定。     

短串联重复位点ACTBP2(SE33)的扩增片段长度多态性研究

应用变性聚丙烯酸胺凝胶电泳（dn－PAGE）结合银染色技术对短串联重复（STR）位点ACTBP2（SE33）的扩增片段长度多态性（Amp－FLPs）进行了研究。在210名无关中国个体中观察到了25个等位基因，等位基因频率分布在0．007～0．093之间。基因型的分布符合Hardy－Weinberg定律，个体识别能力（DP）值为0．99，杂合度（H）为98．7％。七个家系分析的结果表明，该位点的遗传符合孟德尔遗传法则，未观察到变异。对几种常见的法医物证检材的分析表明，该分型系统对DNA降解放为严重的检村适用性强，而且灵敏度高（0．5ng），适合于法医学实际应用。     

19个常染色体与4个Y染色体STR复合扩增体系的建立

目的建立19个常染色体STR及Amelogenin和4个Y染色体STR基因座复合扩增体系,并对其效能进行评估。方法用五色荧光标记20＋4Y—STR基因座,建立同步扩增检测体系,用ABI3130XL遗传分析仪对扩增产物进行电泳,GeneMapperID3．2软件进行基因分型;检测体系的灵敏度、均衡性、稳定性、特异性、同一性和稳定性,并观察混合、降解及微量检材的分型情况。结果采用本文体系,DNA模板量在0．05～1．00ng时,分型准确,均衡性、特异性好;混合、降解及微量检材分型正确。该19个常染色体STR基因座的累计个人识别率大于0．999999999,三联体累计非父排除率达0．999999985,Y—STR单倍型多态性为0．592。结论本文建立的复合扩增体系分型准确,稳定,在法医学案件检验及数据库建设等方面有良好的应用前景。     

超出等位基因阶梯范围的基因峰与三带型等位基因的鉴别

目前国内外法医学亲子鉴定和个体识别的主要技术方法是短串联重复序列(STR)基因座分型方法[1]。随着技术的不断进步,市场上出现多种商业STR荧光标记复合扩增试剂盒,所标记的STR基因座也在不断增加[2-5]。常染色体上单个STR基因座在PCR扩增正常情况下,纯合子个体的毛细管电泳图谱表现为1个基因峰,杂合子个体表现为2个基因峰。极少数个体的STR分型图谱会出现三带型,即出现3个基因峰[6-9]。法医工作者需要有丰富的经验对在实验中所发现的单个基因座上出现3个基因峰的情况进行分析,并判断3个峰的真实性。     

北京汉族群体9个STR位点的频率分布及法医学应用

提供北京汉族群体9个STR基因座的频率分布资料，了解其在法医学中的应用价值。应用PCR技术对9个STR基因座分3组进行复合扩增，经PAG电泳分离、银染，扫描仪扫描，计算机判读并保存结果，对北京地区汉族无关个体9个基因座的基因频率分布进行调查。结果显示，上述9个基因座的杂合度为0．6419～0．8092，多态性信息总量为0．9999，鉴别机率为0．9999，匹配机率为2．0×10-9和非父排除率为0．9985。STR3组9个基因座的综合检验可应用于法医学个体识别和亲子鉴定，并达到同一认定的标准。     

Identification of a novel polymorphism in the X-chromosome region homologous to the DYS456 locus

During an extensive multipopulation study with Y-short tandem repeat (STR) loci, amplified using the AmpFlSTR Yfiler PCR amplification kit, amplification of a 71 bp fragment was observed in 2.32% of the male samples analyzed (N = 3141). By direct sequencing of this fragment, it was determined that the primer binding sequences were identical to those of the DYS456 locus. A T to G single-nucleotide polymorphism (SNP) enabled amplification of the 71 bp fragment. The SNP is located within an X-Y homologous region at Xq21.31 and was observed with the highest frequency within the African American and Sub-Saharan African populations in our study. Presence of SNP on the X chromosome did not interfere with the reliability of typing the DYS456 locus and the other Y-STR loci typeable using the AmpFlSTR Yfiler PCR amplification kit. Full profiles in a mixture of male:female at 1:4000 were obtained using the current configuration of the AmpFlSTR Yfiler kit even in the presence of female DNA containing the G variant.     

北京汉族人群三个Y染色体STR基因座的遗传多态性研究

目的　获得DYS4 37,A7 1,H4三个Y染色体STR基因座及其单倍型在北京汉族人群中的遗传多态性分布 ,并探讨其法医学应用价值。方法　应用自行建立的Y STR 15 plex复合扩增体系 ,对用酚 /氯仿法提取的 132份北京地区汉族无关男性个体血样DNA样品进行复合扩增 ,用ABI310型遗传分析仪对扩增产物进行检测 ,统计分析 3个Y STR基因座的群体遗传学参数。结果　DYS4 37,A7 1,H4三个Y STR基因座在该群体中分别检出 4 ,5 ,4个等位基因 ,GD值分别为 0 4 977,0 6 731,0 5 42 0 ;观察到 32种单倍型 ,其中 17种单倍型出现 1次 ,最多 1种单倍型出现 2 0次 ,单倍型累积GD值为 0 9118。结论　 3个Y STR基因座具有较强的个体识别能力 ,在法医学个体识别和亲权鉴定中具有很高的应用价值     

武汉汉族人群STR基因座D3S1358、D13S317、D12S391的多态性研究

目的　调查中国武汉地区汉族人群STR基因座—D3S1 358、D1 3S31 7、D1 2S391基因频率分布和群体遗传数据。方法　从 2 0 8个汉族无关个体收集血液标本 ,应用PCR技术及聚丙烯酰胺凝胶垂直板电泳对D3S1 358、D1 3S31 7和D1 2S391基因座分型。结果　D3S1 358检出 7个等位基因和 4 1个基因型。三基因座基因型分布符合Hardy-Weinberg平衡。观察 2 31次减数分裂均未发现突变基因。另外 ,调查结果计算显示D3S1 358、D1 3S31 7和D1 2S391基因座的杂合度 (H)分别为 0 70 98、 0 80 56和 0 84 0 0 ;三个人识别能力 (DP)分别为 0 851 6、 0 9332和 0 952 3;非父排除率 ( pE)分别为 0 4 463、 0 60 1 6和 0 681 8。结论　D3S1 358、D1 3S31 7和D1 2S391基因座在群体遗传学研究和法医学亲子鉴定及个人识别中具有较高实用价值     

3个miniSTR基因座在高度降解检材中的应用及其遗传多态性

目的研究D1S1677、D4S2364、D10S1248 3个m in iSTR基因座在DNA高度降解检材中的法医学应用价值并调查河北地区汉族人群3个基因座的遗传多态性。方法对所有样本的3个基因座进行PCR扩增;PCR产物在AB I3100 Avant基因分析仪上电泳分离;GeneScan 3.7及Genotyper3.7软件分析结果。结果3个m in iSTR基因座均获得了清晰的基因型分型结果,扩增片段均小于125bp,分别检出7,5,8个等位基因和12,10,16种基因型,基因型分布均符合Hardy-W e inberg平衡。3个基因座在河北汉族人群的非父排除率和个人识别力分别为0.3530、0.3637、0.4901和0.7954、0.8113、0.8913。结论3个m in iSTR基因座在DNA高度降解检材的法医学分析中具有较高应用价值,并且在河北地区汉族人群中具有较好的遗传多态性。     

Construction and application of four fluorescence labeled multiplex typing system for 3 miniSTR loci

We constructed a multiplex PCR system for 3 miniSTR loci D20S482, D3S3053, D6S474. This typing system showed high stability and sensitivity (0.05 ng). Population data investigated in 120 healthy unrelated Chinese Han individuals showed higher genetic polymorphism, with the combined power of discrimination and power of exclusion being 0.998 and 0.84. The amplification product length ranged from 88 bp to 127 bp for all three loci. The successful rate of typing highly degraded samples using this miniSTR multiplex PCR system was significantly higher than using identifiler kit, indicating the multiplex set represents a useful tool in Chinese forensic practice, especially for the highly degraded DNA sample.     

壮族人群3个STR基因座基因频率分布及其法医学应用

研究3个STR基因座（D21S11、HumFGA、D19S253）在广西壮族人群中的基因频率分布及其在实际检案中的应用价值。以自制等位基因Ladder样品作为标准对照,用PCR结合PAGE技术对3个STR基因座的扩增产物进行分型。结果显示：D21S11基因座有14个等位基因,有44个基因型;HumFGA基因座有15个等位基因,40个基因型;D195253基因座有9个等位基因,23个基因型。经检验,3个STR基因座基因型分布均符合Hardy－Weinberg平衡,累计个体识别力（DP）为0．9995。3个STR基因座在壮族人群属高识别力遗传标记系统,在法医学个体识别及亲权鉴定方面有重要价值。     

3个miniSTR基因座四色荧光复合分型体系的构建及应用

目的建立D3S3053、D6S474、D20S482（扩增片段〈150bp）3个miniSTR基因座四色荧光复合分型体系,用于高度降解DNA样本的基因分型。方法采用6-FAM、HEX、TAMRA荧光染料标记D20S482、D3S3053、D6S474基因座上游引物,构建并优化复合扩增体系,在ABI310遗传分析仪上对扩增产物进行电泳分析,Genemapper3．2软件分析产物片段大小并进行分型。采用上述体系对120份河北汉族健康无关个体血样进行检测,并计算群体遗传学参数。比较该体系与ID试剂盒用于高度降解检材的成功率及灵敏度。结果D3S3053、D6S474、D20S4823个miniSTR基因座荧光标记复合扩增分型体系稳定可靠,灵敏度达50pg,用于高度降解检材分析的成功率明显高于ID试剂盒。3个基因座在河北汉族人群中的累积个人识别能力为0．998,累积非父排除率为0．84。结论该系统可用于分析高度降解DNA样本的基因分型,进行法医学个人识别和亲权鉴定。     

6FAM-HEX-TMR-ROX四色荧光分析体系的构建

目的为在310基因分析仪上进行6FAM-HEX-TMR-ROX四色荧光STR复合扩增分型建立基础条件。方法以pGEM载体作为靶DNA,设计引物扩增获得500~80bp的13个长度不等DNA片段,以这些片段纯化物作为模板DNA,分别扩增获得6FAM、HEX、TMR和ROX标记的M atrix标准物,用4种M atrix标准物在310基因分析仪上构建可用于6FAM-HEX-TMR-ROX四色荧光分析的M atrix文件。结果扩增所得的13个非标记片段,长度分别为80、100、120、140、160、180、200、220、260、300、340、400、500bp,在非变性聚丙烯酰胺凝胶连续电泳-银染凝胶上均表现为单条带,6FAM、HEX、TMR、ROX分别标记的片段通过310基因分析仪检测均为单峰。混合ROX标记的80、120、180、220、260、300bp的6个片段获得的内标,显示出良好的线性关系。结论建立了有效的6FAM-HEX-TMR-ROX四色荧光分析M atrix,为进行多个STR基因座荧光标记复合扩增检测奠定了基础。