AmpF(l)STR(R) Identifiler(R) Plus试剂盒快速直接PCR扩增初探

目的 探索可应用于法医实践的快速直接PCR扩增方法,以缩短扩增时间,提高STR分型速率.方法 联合运用AmpF(l)STR(R) Identifiler(R) Plus试剂盒与TaKaRa快速PCR检测试剂构建快速直接PCR体系,以FTA血卡为模板,采用优化后的扩增程序在快速PCR仪上进行扩增,分型结果与常规直接扩增方法相比较.结果 AmpF(l)fSTR(R) Identifiler(R) Plus试剂盒与TaKaRa的快速PCR检测试剂针对血卡的联合扩增,所得STR分型结果与常规方法一致,扩增用时由常规直接扩增所需的175 min缩短为55 min.结论 采用快速直接PCR方法进行扩增,可得到与常规直接扩增一致的DNA分型,扩增时间明显缩短,DNA分型速率大幅提高.     

FTA卡血样快速直接PCR扩增方法比较初探

目的探索FTA卡血样快速直接PCR扩增方法,比较相关方法的应用价值。方法将DNA TyperTM19试剂盒分别与3种快速试剂(Roche、TaKaRa、Fermentas)组合,以FTA卡血样为模板构建扩增体系,按照经优化的循环参数进行快速直接扩增,并与Typer19试剂盒常规方法相比较,对方法进行评价。结果 Typer19试剂盒分别与3种快速PCR检验试剂进行组合,均可实现快速直接扩增,STR分型结果均与常规方法一致,扩增用时60min,较常规扩增所需的215min缩短了约70%,但Typer19试剂盒与Roche试剂组合基因座间峰高有部分不平衡;与TaKaRa试剂组合扩增个别基因座出现双肩锋;与Fermentas试剂组合扩增峰高明显不平衡,且个别基因座存在双肩峰。结论应用DNA TyperTM19试剂盒与快速试剂组合直接PCR扩增方法,可有效缩短扩增时间,可根据效果在相关实践中选择使用。     

快速PCR扩增检验体系的建立及技术指标验证

目的建立PCR快速扩增程序和体系,并对其技术指标进行验证。方法运用快速扩增酶Fast Start与DNA TyperTM15 plus primer mix组合并优化建立快速扩增体系,对50份静脉血卡和35份案例检材提取的DNA进行扩增,并对体系检测结果的准确性、稳定性和检材适应性进行验证;采用不同稀释浓度的标准品9947,采用快速扩增方法进行检测,验证体系的灵敏度。结果模板DNA浓度达到0.50ng/μL,采用快速扩增体系可能获得准确分型;扩增耗时仅为69min,比常规扩增方法明显缩短;不同种类检材,经检测均获得良好分型图谱,同一份样本重复实验结果一致、稳定。结论本文建立的快速扩增体系可显著提升检测速率,其灵敏度、准确性、稳定性、检材适用性等技术性能,可满足实际检验的需求。     

15重快速STR复合扩增体系的构建

目的建立一套15重快速STR复合扩增体系。方法选择14个常染色体基因座以及1个性别基因座,采用Fast Start Taq DNA聚合酶系统,以DNA标准品9947A为模板,通过筛选扩增条件、选择热启动酶用量、调整引物平衡、优化快速扩增程序、筛选反应缓冲液、选择反应体系以及筛选添加剂等一系列复合扩增实验,比较各条件下等位基因丢失和非特异性扩增情况。结果在以1 ng DNA为模板、0.4μL聚合酶及10×Fast Start高保真反应缓冲液构成10μL快速体系的条件下,32 min即可获得标准DNA全部15个STR基因座的完整分型,无等位基因丢失和非特异性扩增现象,等位基因均衡性良好。同时,5%甘油、0.01%明胶、0.05%明胶和5 mmol/L硫酸铵可作为PCR扩增过程中拟加入的反应添加剂。结论本研究建立的15重快速STR复合扩增体系可以明显缩短反应时间,提高样品检测效率。     

河南汉族人群12个X-STR基因座遗传多态性

正采用AGCU X-12荧光标记复合扩增系统,对河南汉族群体12个X-STR基因座的遗传多态性进行调查,旨在为法医学应用及群体遗传学研究提供基础数据。1材料与方法1.1样本538例河南汉族无关个体纸质血样取自作者实验室日常建库积累,男性269名,女性269名。1.2 X-STR扩增及分型检测采用AGCU X-12免提系统(无锡中德美联生物技术有限公司)进行复合扩增,反应体系为10μL,内含反应混合物4μL,引物2μL,C-Taq(2.5U/μL)DNA聚合酶0.25μL。热循环参数为:95℃2min;94℃1min,58℃1min,72℃1min,30个循环;60℃60min;4℃保温。取1μL扩增产物与0.5μL内标Siz-500和10μL去离子甲酰胺混合,95℃变性3min后,冰浴     

河南汉族群体D4Satt、D5Saat miniSTR基因座遗传多态性

在法医学实践中,严重降解或者微量的生物检材采用STR分型,结果常不理想,而miniSTR技术是有效的一种检测方法[1]。本文从人类基因组DNA序列中查找并对D4Satt、D5Saat2个miniSTR基因座进行分型检测,希望可在日常法医学鉴定中作为核心STR基因座的补充[2]。1材料与方法1.1样本和DNA的提取134例河南汉族健康无关个体枸橼酸钠抗凝血样取自郑州市中心血站。采用酚-氯仿法提取DNA。1.2引物设计从GeneBank上下载4、5号染色体DNA序列,用Tandem repeats finder软件在距常用STR基因座较远的区域(50Mb以外)查找重复单位为3bp,连续重复12次以上的STR基因座。用Primer3软件设计引物,使扩增片段在150bp以内。引物由上海生工生物工程技术服务公司合成(表1)。1.3 PCR扩增及产物检测PCR扩增体系总体积20μL,包括1ng模板DNA,10×Buffer(含Mg2+1.5mmol/L)2μL,10mmol/LdNTPs 0.4μL,100μmol/L正反向引物各0.1μL,Taq表1 2个MiniSTR基因座一般信息基因座引物序列(5′-3′)重复区结...     

17个STR基因座快速多重扩增体系的建立及应用

目的建立17个STR基因座多重PCR快速扩增体系。方法采用人血样本提取DNA并定量,用于多重快速扩增体系分型准确性检测;采用标准品9948,设定稀释度,检测体系灵敏度;采用定量男女DNA样本按11种比例混合,检测体系对混合样本的分型能力;在标准品中加入干扰物质血红素和腐植酸,检测体系的抗干扰能力;对5种非人样本进行检测,评价体系的特异性;对实际案例进行检验,评价体系实际应用价值。结果采用本文体系,在65min内,用0.5~2ng DNA模板量能获得较好的扩增效果,分型结果准确稳定,扩增均衡;种属特异性好;血红素≤50μmol/L,腐植酸≤25ng/μL时可不受干扰准确分型;男女混合样本中单一样本量不低于1/10即可进准确进行判断;对实际案例常见生物检材的检验结果良好。结论本文17个STR基因座快速多重扩增体系可显著缩短扩增时间,技术性能符合实际检案要求,可在实践中选用。     

荧光定量PCR技术验证Sinofiler试剂盒的适宜模板量

目的探讨Sinofiler试剂盒适合扩增的模板DNA用量。方法选取经Sinofiler试剂盒基因分型且图谱完整、扩增均衡性好的DNA样本,进行荧光定量PCR检测。结果实验结果表明,在12.5μL体系中,1.29～1.51ng的模板DNA能够获得理想的分型结果。结论应用荧光定量PCR技术检测不同试剂盒适合扩增的模板DNA用量是一种准确、有效的方法。     

快速PCR仪与普通PCR仪扩增效果的比较研究

目的比较快速PCR仪与普通PCR仪的扩增效果。方法浓度为0.1、0.05、0.025、0.0125、0.0063ng/μL的9947A标准品各取样100例,采用Identifiler Plus试剂盒构建扩增体系,其中50例在普通PCR仪(9700型扩增仪)上进行扩增,50例在快速PCR仪(Speed cycler2扩增仪)上扩增,3500x L型遗传分析仪检测,对比每种浓度组两种扩增仪的检验结果。结果两种PCR仪的检出率均无差异(P0.05)。但当9947A的浓度为0.0125、0.0063ng/μL时,普通PCR仪检验样本的STR基因座检出数(13.7±1.0;11.3±1.5)均高于快速PCR仪(13.1±1.3;9.9±1.9),差异有统计学意义(P=0.029;P0.001);当9947A的浓度为0.1、0.05、0.025 ng/μL时,普通PCR仪检验样本的图谱峰高(18931±4625;13437±3165;5752±1344)均高于快速PCR仪(16929±4034;11815±4120;4865±1401),差异有统计学意义(P=0.023;P=0.030;P=0.002)。结论快速PCR仪可在较短的时间内达到与普通PCR仪相当的检出率,适合于实际案件中的应用;普通PCR仪检验获得的STR分型结果质量可能更高。     

循环次数与体系对DNA检测灵敏度的影响

目的探讨通过增加PCR循环次数和缩小扩增体系改善DNA检测灵敏度的可行性。方法将10例无血缘关系健康志愿者精液DNA样本分别定量为50、40、30、25、20、15、10 pg/μL,分别用10、5、3μL的体系和28、30、32、34、36次循环进行扩增,用3130遗传分析仪检测15个常染色体STR基因座。结果 28次循环下,3μL体系可对40pg/μL及以上样本正确分型。20pg/μL及以上样本在10、5、3μL体系中,34次循环均可正确分型,增加到36次循环,出现非特异性谱带,无法正确分型。结论增加循环次数和缩小扩增体系在一定程度上可以提高DNA检测的灵敏度。     

MPure-12全自动核酸纯化仪与Chelex-100法的比较CSCD

目的通过对DNA含量不同的血痕和多种类型生物学检材进行DNA提取和STR分型检测,探讨MPure-12全自动核酸纯化仪(MPure-12法)在DNA提取中的法医学应用价值。方法收集血痕、精斑、唾液等9种类型的生物学检材,应用MPure-12法和传统Chelex-100法提取DNA,经过PCR扩增和电泳,获取STR分型图谱。结果 MPure-12法对发根、口香糖、烟蒂、肌肉组织、唾液斑、血痕、精斑这些检材能够成功分型,唾液出现了个别等位基因丢失现象,接触拭子分型较差。Chelex-100法对血量为20μL、15μL、10μL、5μL、1μL制成的血痕均有完整分型结果,MPure-12法在血量为1μL时出现等位基因丢失现象。结论 MPure-12法适用于一定浓度血样的检验,而对于微量血样,Chelex-100法提取DNA的效果可能更优。仪器应用于DNA提取具有操作简单、快速、提取效率高,分型成功率高,减少人为污染等优势。     

MPure-12全自动核酸纯化仪与Chelex-100法的比较

目的通过对DNA含量不同的血痕和多种类型生物学检材进行DNA提取和STR分型检测,探讨MPure-12全自动核酸纯化仪(MPure-12法)在DNA提取中的法医学应用价值。方法收集血痕、精斑、唾液等9种类型的生物学检材,应用MPure-12法和传统Chelex-100法提取DNA,经过PCR扩增和电泳,获取STR分型图谱。结果 MPure-12法对发根、口香糖、烟蒂、肌肉组织、唾液斑、血痕、精斑这些检材能够成功分型,唾液出现了个别等位基因丢失现象,接触拭子分型较差。Chelex-100法对血量为20μL、15μL、10μL、5μL、1μL制成的血痕均有完整分型结果,MPure-12法在血量为1μL时出现等位基因丢失现象。结论 MPure-12法适用于一定浓度血样的检验,而对于微量血样,Chelex-100法提取DNA的效果可能更优。仪器应用于DNA提取具有操作简单、快速、提取效率高,分型成功率高,减少人为污染等优势。     

毛干mtDNA单倍型母系家系排查法侦破命案

笔者在实践工作中遇到利用受害者指尖粘附微量毛干线粒体DNA(m tDNA)测序的多态信息,最终成功侦破一起命案,现报道如下。1材料与方法1.1简要案件及样本DNA的提取2008年9月某市发生一命案,现场提取死者(杨某,女)指尖粘附约1cm长毛干及胸部、膝关节上毛发各1份;杨某丈夫(王某)和杨某血痕,编号1~5。按母系遗传关系排查的杨、金、何、刘姓嫌疑人血痕各1份,编号6~9。参照张纯斌等人[1]的方法提取毛干m tDNA;有机法提取血痕m tDNA。1.2巢式PCR扩增m tDNA高变区I(HVRI)15996-16401区域长片段的PCR扩增,上、下游引物序列为L15996:5-′CTCCAC-CATTAGCACCCAAAGC-3;′H16401:5-′TGTTTCACG-GAGGATGGTG-3′。15μL反应体系包括含镁离子10×PCR缓冲液1.5μL,5mmol/L dNTP1μL,1μmol/L正反向引物各1μL,0·2μL(5U/μL)TaqDNA聚合酶,0·5μLDNA(50ng/μL),余量用水补足。PCR反应条件:95°C变性2m in,94°C变性20s,58°C退火20m in,72°C...     

6个Y-STR荧光复合扩增系统的建立及应用

目的建立6个Y-STR荧光复合扩增体系,评价其法医学应用价值。方法设计DYS444,GATA-A7.2,GATA-A10,DYS390,GATA-A7.1,DYS443荧光复合扩增引物,扩增总体积20μL,内含模板DNA0.5～10ng,PCR产物用3130遗传分析仪电泳,GenemapperID v 3.2分析结果,根据等位基因标准命名各等位基因,并评价该系统的特异性、准确性、均衡性、灵敏度及对混合血样的分析能力。结果当dNTP、Mg2+分别为200μmol/L、1.5mmol/L时扩增效果最佳,0.5～10ngDNA模板量均能获得较好的扩增效果,各基因座分型结果清晰,扩增均衡,特异性强,重现性好,基本满足实际应用的性能要求。对湖北汉族群体进行遗传学调查,结果GD值0.580 3～0.722 3,共检出158种单倍型,其多样性为0.995 8。结论本文6个Y-STR扩增系统分型可靠,配合常用Y-STR分型试剂盒,可进一步提高个体识别能力。     

Goldeneye？DNA身份鉴定系统26Y试剂盒的法医学验证

目的：对Goldeneye？DNA身份鉴定系统26Y试剂盒的法医学参数进行验证和分析。方法根据DNA分析方法科学工作组（Scientific Working Group on DNA Analysis Methods,SWGDAM）对试剂盒的法医学验证要求,从PCR扩增体系的测试、重复性、准确性、灵敏度等多个角度对该试剂盒进行检测评估。应用该试剂盒对华东地区517名汉族健康无关个体进行Y-STR基因座分型检测,检测单倍型分布状况及频率信息,并评估该试剂盒的法医学参数。结果该试剂盒对6.25μL扩增体系、DNA量低至125 pg时仍然可以得到准确的分型结果。特异性检测发现该试剂盒对常见的动物DNA和微生物DNA无有效的扩增结果。男性混合样本（1∶19和19∶1）中,较少样本的等位基因检出率可以达到70%以上;在男女混合样本中,女性DNA背景的存在不影响试剂盒的灵敏度。结论 Goldeneye？DNA身份鉴定系统26Y试剂盒灵敏度高、特异性好,且可以应用于混合物的检测。试剂盒所包含的26个Y-STR基因座多态性良好,可满足法医学实际应用。     

车辆上脱落细胞STR检验

目的对汽车方向盘及变速杆把手上的皮肤脱落细胞进行STR检验研究。方法用EZ-tape采集车辆方向盘及变速杆上的脱落细胞,Chelex-100法与磁珠法结合提取DNA,延长保温时间。定量后调整PCR反应体系,适当增加PCR循环数,增加PCR产物量及延长进样时间进行电泳检测,使用GeneMapperIDV3.2软件进行STR分型。同时,对比使用多重置换扩增技术对提取的DNA进行全基因组扩增。结果对33份车辆方向盘和变速杆上脱落细胞的检测,其中19份检出全部基因座的基因分型结果,9份检出部分基因型,5份未检出DNA分型结果。而利用多重置换扩增技术未获得满意图谱。结论本研究建立的脱落细胞收集、DNA提取、PCR扩增及检测方法适合于车辆上脱落细胞的检验,其结果优于使用多重置换扩增技术获得的分型。     

车辆上脱落细胞STR检验

目的对汽车方向盘及变速杆把手上的皮肤脱落细胞进行STR检验研究。方法用EZ-tape采集车辆方向盘及变速杆上的脱落细胞,Chelex-100法与磁珠法结合提取DNA,延长保温时间。定量后调整PCR反应体系,适当增加PCR循环数,增加PCR产物量及延长进样时间进行电泳检测,使用GeneMapperIDV3.2软件进行STR分型。同时,对比使用多重置换扩增技术对提取的DNA进行全基因组扩增。结果对33份车辆方向盘和变速杆上脱落细胞的检测,其中19份检出全部基因座的基因分型结果,9份检出部分基因型,5份未检出DNA分型结果。而利用多重置换扩增技术未获得满意图谱。结论本研究建立的脱落细胞收集、DNA提取、PCR扩增及检测方法适合于车辆上脱落细胞的检验,其结果优于使用多重置换扩增技术获得的分型。     

国内首次发现及确认D1S1656基因座等位基因7鉴定1例

1案例1.1简要案情因申报北京户口,母亲王某与孩子需进行亲子鉴定。采集二人指尖血备检。1.2 DNA提取用DNA IQ^TM试剂盒(美国Promega公司)在工作站(美国Beckman公司NX)上提取上述两人血样DNA。1.3常规检验采用PowerPlex^■21 System(美国Promega公司)进行PCR复合扩增,PCR反应体系和循环参数按说明书要求。使用3130XL型遗传分析仪(美国AB公司)电泳分离扩增产物。GeneMapper ID v3.2软件进行基因座分型。     

荧光STR直接复合扩增试剂缓冲体系的研制

目的研制适用于数据库样本荧光STR直接复合扩增体系。方法针对常规血卡、FTA和903血卡样本,配制扩增缓冲液基准母液,采用不同配方的扩增缓冲体系进行直接扩增及检测。考察不同种类增强剂、4种商业化DNA聚合酶、不同复性温度和终延伸时间对检材的检测效果,并验证优化体系的适应性。结果采用本文所建体系对各类血卡样本进行检验,均可获得样本清晰、完整的STR分型。体系选择BSA\Tween20\DMSO\甘油等增强剂组合、Typer热启动聚合酶1.5U/10μL、57～59℃复性温度、30～50min终延伸时间,采用10μL体系即可对直径1.2mm FTA卡血样进行有效分型。结论本文所研制的缓冲体系能够满足常规血卡、FTA和903血卡样本直接扩增检验的需要。     

AS-PCR技术检测20个mtDNA SNP位点及单倍型频率

目的基于等位基因特异性PCR(allele-specific PCR,AS-PCR)技术,建立一种三色荧光标记复合扩增检测线粒体DNA(mtDNA)SNP的方法。方法基于AS-PCR原理,选择20个mtDNA编码区SNP位点,分为两组,分别标记FAM和HEX荧光,每个位点设计具有长度差异的两条上游(下游)等位基因特异性引物以及一条下游(上游)通用引物。结合AS-PCR技术和毛细管电泳,检测200份无关个体血样。各位点随机选取至少3个样本进行直接测序验证,并进行单倍型频率调查。结果 200份血样均得到清晰分型,各位点的检测结果与直接测序结果完全一致。10μL体系下,DNA最低检测浓度为0.2pg,当模板量为0.5~5 pg时能得到较为理想的分型图谱。在200名无关个体中,共分出15种单倍型,单倍型多样性为0.906 0。结论 AS-PCR技术是一种简单、快速且有效的mtDNA SNP分型方法,适用于法庭科学检验的需求。