四态MVR-PCR检测河北D1S8基因座遗传多态性

D1S8(MS32)基因座是位于人类1号染色体(1q42-43)的小卫星(Minisatellite Variant Repeat,MVR),由长度为29bp的重复单位串联排列组成。在重复单位的5’端存在两个相邻的碱基替换G-A(SiteⅠ)和C-T(siteⅡ),Tamaki等[1]根据两个位置碱基替换的不同将D1S8核心序列命名为E、e、Y、y型,由此设计四种MVR-PCR特异性引物分别针对这四型核心序列,称为四态MVR-PCR技术。本文采用此技术检测了河北汉族群体100名无关个体的D1S8基因座,现报道如下。1材料与方法100份抗凝血液样品(河北省血液中心提供),采用酚/氯仿法提取基因组DNA。D1S8基…     

河南汉族群体D4Satt、D5Saat miniSTR基因座遗传多态性

在法医学实践中,严重降解或者微量的生物检材采用STR分型,结果常不理想,而miniSTR技术是有效的一种检测方法[1]。本文从人类基因组DNA序列中查找并对D4Satt、D5Saat2个miniSTR基因座进行分型检测,希望可在日常法医学鉴定中作为核心STR基因座的补充[2]。1材料与方法1.1样本和DNA的提取134例河南汉族健康无关个体枸橼酸钠抗凝血样取自郑州市中心血站。采用酚-氯仿法提取DNA。1.2引物设计从GeneBank上下载4、5号染色体DNA序列,用Tandem repeats finder软件在距常用STR基因座较远的区域(50Mb以外)查找重复单位为3bp,连续重复12次以上的STR基因座。用Primer3软件设计引物,使扩增片段在150bp以内。引物由上海生工生物工程技术服务公司合成(表1)。1.3 PCR扩增及产物检测PCR扩增体系总体积20μL,包括1ng模板DNA,10×Buffer(含Mg2+1.5mmol/L)2μL,10mmol/LdNTPs 0.4μL,100μmol/L正反向引物各0.1μL,Taq表1 2个MiniSTR基因座一般信息基因座引物序列(5′-3′)重复区结...     

青海省蒙古族15个STR位点遗传分析

本文对居住在青海省蒙古族的126个无关健康个体,进行D8S1179、D21S11、D7S820、CSF1PO、D3S1358、TH01、D13S317、D16S539、D2S1338、D19S433、vWA、TPOX、D18S51、D5S818和FGA等15个STR基因座遗传学调查,结果报告如下。1材料与方法样本青海地区的126个无关健康知情个体血痕(三代以内居住在本地区)。DNA提取及扩增基因组DNA用Chelex-100进行提取[1]。使用AmpFLSTR Identifiler试剂盒进行15个常染色体PCR复合扩增。扩增总体系10μl,其中0.9μl(2ng/μl)DNA样本,2.9μl双蒸水,4μl dNTP,0.2μl金牌酶,2.0μl引物。用…     

海南地区汉族人群15个STR基因座的遗传多态性

<正>短串联重复序列(short tandem repeat,STR),又称微卫星DNA或简单重复序列,其长度多态性来源于2~6 bp重复单位拷贝数的个体差异,是目前在法医物证鉴定中应用最广泛的长度多态性遗传标记[1]。本研究采用Amp F詛STRTM华夏TM荧光标记复合扩增体系对海南地区汉族人群的15个常染色体基因座(D8S1179、D21S11、D7S820、CSF1PO、D3S1358、D5S818、D13S317、     

安徽地区汉族人群15个STR基因座遗传多态性

应用荧光标记引物复合扩增技术,对安徽地区263名汉族无关个体的D3S1358、TH01、D21S11、D18S51、Penta E、D5S818、D13S317、D7S820、D16S539、CSF1PO、Penta D、vWA、D8S1179、TPOX、FGA等15个STR基因座的多态性调查,现报道如下。1材料与方法1.1样本及DNA提取263例汉族无关个体血样由本实验室日常检案积累,采用常规Chelex法提取样本DNA[1]。1.2复合扩增及分型按PowerPlexTM(Promega公司)16 System试剂盒说明书进行复合扩增及分型。PCR反应总体系10μl,其中Buffer 1μl,primer 1μl,Taq Gold酶0.3μl,DNA模板适量,…     

苏南地区汉族人群D2S1772和D15S659基因座遗传多态性

<正>D2S1772和D15S659短串联重复序列分别定位于人类第2号、第15号染色体,核心序列分别为 (GATA)n、(GATA)n,由Marshfield实验室从人类基因组分离获得(http:／／www．chic．org)。本文应用聚丙烯酰胺垂直电泳及银染方法,获得了中国苏南地区汉族人群这两个基因座的等位基因频率。     

3个miniSTR基因座荧光标记复合扩增体系的建立及应用

目的建立扩增片段小于115 bp,包括D1S1676、D6S1274和D17S1299 3个非CODIS系统的miniSTR基因座复合扩增系统,用于高度降解DNA样本的基因分型。方法采用不同荧光染料标记引物,通过PCR扩增,利用310遗传分析仪对100份成都汉族健康无关个体血样以及2份高度降解检材进行检测。结果荧光标记复合扩增D1S1676、D6S1274和D17S1299 3个miniSTR基因座,每个基因座均获得了清晰的基因型分型结果。100份样本,3个miniSTR基因座分别检出个9、9、7个等位基因和27、23、18种基因型,基因型分布均符合Hardy-Weinberg平衡。3个基因座在成都汉族人群的累积非父排除率、累积个体识别能力分别为0.9991和0.9160。结论本系统可以应用于个体识别和亲权鉴定,为DNA高度降解样本分型提供了新的方法。     

D20S161和D8S384两个基因座在法医学中的应用

评估D2 0S16 1和D8S384两个基因座在法医学中的应用价值。用自制的D2 0S16 1和D8S384两个DNA分型试剂盒 ,对人血、人精液、人唾液、动物血、人血与动物血的混合检材和人血痕、人精液斑、人唾液斑、动物血痕、人血与动物血的混合斑痕检材 ,以及陈旧血痕检材进行检测分型 ,并用这两个基因座PCR引物序列与DNA数据库进行联网对比分析。自制的D2 0S16 1和D8S384两个DNA分型试剂盒能对人血、人精液、人唾液、人血与动物血的混合检材分型 ,而动物血没有PCR产物 ;自制的D2 0S16 1和D8S384两个DNA分型试剂盒能对人血痕、人精斑、人唾液斑和人血与动物血的混合斑痕检材正确分型 ,而动物血痕没有PCR产物 ;斑痕检材分型结果与对应体液检材分型结果无差异 ;5 0份陈旧血痕检材全部获得阳性分型结果。DNA数据库联网比较提示 ,D2 0S16 1和D8S384基因座引物除了能与各自的模板序列发生特异性扩增外 ,理论上不能与DNA数据库中 6 0 6 36 4种已知序列产生PCR产物。D2 0S16 1和D8S384两个基因座具有高度的种属特异性 ,抗污染能力强 ,不易受降解的影响 ,是解决法医现场生物检材个人识别和亲子鉴定的理想手段     

江西汉族人群D2S1338、TPOX、TH01基因座多态性

本文采用Amp-FLP技术和银染法对D2S1338、TPOX、TH013个STR基因座遗传多态性进行了调查,现报道如下。1材料与方法1.1样本的采集及处理随机采集220人份江西地区汉族人群无血缘关系的个体静脉全血1m l,ACD抗凝。1.2 PCR扩增及产物的检测采用多位点STR同步扩增法,采用聚丙烯酰胺凝胶DNA电泳和银染法[1]。1.3统计学处理用χ2检验判断各位点的基因型分布是否符合Hardy-W einberg平衡法则,计算期望杂合度(H)、个体识别率(DP)和多态性信息含量(PIC值)[2]。2结果D2S1338共检出等位基因12个,基因频率分布在0.0023~0.1758之间;TPOX共…     

华东地区汉族D16S3391和D10S676基因座的遗传多态性

D16S3391和D10S6 76基因座分别定位于人类第 16号和第 10号染色体 ,其核心序列分别为 (TCTA )n和 (A GAT)n ,先后由Marshfield实验室从人类基因组分离获得(www chlc org)。为了解D16S3391和D10S6 76基因座的基因频率分布状态 ,本文作者建立了这两个基因座的分型方法 ,并获得了中国华东地区汉族人群在这两个基因座的等位基因频率 ,现报道如下。1　材料与方法1 1　样本及引物群体研究样本 (EDTA抗凝血或颊粘膜拭子 )和两个三代 7口家系样本 (EDTA抗凝血 ) ,根据知情同意原则 ,前者采自江苏、浙江、上海等地无血缘关系的无关个体 ,后…     

中国德昂族9个STR基因座的遗传多态性

<正> 人类基因组由约30亿个碱基对组成,其中短串联重复序列(Short tandem repeat STR)一般由2～7bp为单位组成核心序列重复排列[1]。人类基因组中每15～20kb就出现1个STR基因座。 聚合酶链式反应分析时,STR等位基因片段大小一般为100～500bp。由于扩增的片段短,可多基因座复合扩增,不仅灵敏度高,而且方便快捷,已广泛应用于个体识别、亲权鉴定、考古、基因诊断等方面,是目前最理想的DNA遗传标记[2]。本研究选择的D3S1358、vWA、FGA、,TH01、TPOX、CSF1P0、D5S818、D13S317、D7S820基因座,个体识别率高,均为美国法庭科学PCR检验金标准位点[3]。本文作     

福建汉族人群12个Y-STR基因座遗传多态性

本文应用PCR技术对福建汉族群体189名无关男性个体12个Y-STR基因座遗传多态性进行调查,现报道如下。1材料与方法1.1实验方法福建省各地189名汉族男性无关个体的血样,系本实验室日常检案积累。Chelex-100法[1]提取DNA。采用12.5μl扩增反应体系,其中包括:引物、PCR缓冲液各1.25μl;Taq Gold DNA聚合酶0.3μl;模板DNA 1μl;无菌去离子水补足体系。热循环参数参照PowerPlex Y System试剂盒推荐方法。1.2统计学分析[2]用直接计数法计算各基因座等位基因和单倍型频率。基因差异性(gene d iversity,GD)的计算公式:GD=n(1-∑X i2)/(n-…     

吉林延边地区朝鲜族D1S1171基因座遗传多态性

在利用STR多态性进行的法医学个人识别及亲子鉴定中,如何选择高多态性基因座是非常重要的[1].D1S1171基因座具有重复结构简单(GAAA)、重复变化多(9～21次)、长度短(96～144bp)和容易扩增等特点[2],适合在法医学个人识别及亲子鉴定中使用.     

天津地区汉族群体9个STR基因座的频率调查

<正> 采用荧光标记复合扩增技术[1],对天津地区汉族260名无关个体进行了D3S1358、D21S11、D5S818、D13S17、D18S51、D7S820、vWA、FGA、 D8S1179等9个STR基因座检测后,得到该地区汉族群体各基因座的基因频率及其相关统计数据,现报道如下。 天津地区汉族260份无关个体(男171,女89)血液样品取自天津市中心血站及日常检案积累。血样品的DNA提取、扩增、检测及数据分析按文献[2～4]     

武汉汉族人群MICA基因第5外显子STR遗传多态性

本文对武汉汉族群体M ICA-STR基因座遗传多态性进行了调查,现报道如下。1材料与方法1.1样品武汉地区235例汉族无关健康个体EDTA抗凝血由武汉同济医院血库提供。所有样品采用Chelex-100法提取DNA[1]。1.2引物M ICA-STR分型采用M izuki等[2]报道的引物,其中上游引物5′端用6-FAM荧光染料标记,由上海生工生物工程技术服务有限公司合成。1.3 PCR扩增及产物检测M ICA-STR扩增反应总体积为10μl,内含200μmol/L dNTPs,50mmol/L KC l,10mmol/L Tris-HC l(pH8.3),1.5mmol/LMgCl2,5~10ng模板DNA,0.2μmol/L每条引物,0.5U Ampl…     

福建汉、畲族D6S1043和D12S391基因座遗传多态性

D12S391和D6S1043基因座分别位于人类第12号和第6号染色体上，核心序列分别为（ATCT）。和（AGAT）x（AGAC）Y（AGAT）z。本文采用Sinofiler试剂盒对福建汉族和畲族上述2个基因座遗传多态性进行调查，为相关检测提供基础数据。     

5个Y-STR基因座复合扩增及其单倍型

多个Y STR基因座复合扩增在国内外已得到应用[1、2 ] 。本文作者报道用银染法复合扩增DYS389II、DYS389I、DYS390、GATA A7 2和DYS393等 5个Y STR基因座 ,并对广东汉族 4 15名无关男性个体进行基因分型调查。1　材料和方法1 1　材料4 15份广东汉族无关男性个体血样来自本室日常检案标本 ,用Chelex 10 0法提取DNA。1 2　引物序列DYS389Ⅱ、DYS389Ⅰ、DYS390、GATA A7 2和DYS393等 5个基因座引物序列见文献 [3、 4 ],由上海生物工程有限公司合成。1 3　PCR扩增条件总体积 2 5 μl,内含dNTP 4 2 0 μmol/L ,MgCl23 0mm…     

云南怒族人群HPRTB、DXS7423、DXS101基因座遗传多态性

HPRTB、DXS7423、DXS101是X染色体上常见的3个STR基因座,定位于Xq22.1-Xq28,其核心序列分别为AGTA、TCCA和CTT-ATT,本文对3个X-STR基因座的等位基因频率和基因型频率数据进行调查,为法医学检案提供基础遗传频率数据。1材料与方法1.1样本采集100份无血缘关系的怒族健康个体静脉血在云南随机采集,每份3m l,EDTA抗凝,-70℃保存[1]。1.2方法1.2.1 DNA提取及扩增Chelex-100法提取基因组DNA[2]。3个基因座引物序列及扩增条件见表1。表1 3个基因座的引物信息及扩增条件基因座PCR引物序列(5’to3’)变性退火延伸循环数HPRTBA…     

华东地区汉族人群D1S1609和D4S2639基因座遗传多态性

D1S1609和D4S2639短串联重复序列分别定位于人类第1号和第4号染色体,D1S1609核心序列分别为(TATC)n×(ATCT)n,D4S2639核心序列为(TAGA)n,GDB access ID分别为685116和685881,先后由Marshfield实验室从人类基因组分离获得(www.marshfieldlaboratories.org)。本文作者通过对D1S1609和D4S2639基因座的分型,调查了两基因座在中国华东地区汉族人群的等位基因频率,现报道如下。1材料与方法1.1样本及引物依据知情同意原则,群体研究样本(EDTA抗凝血或颊粘膜试子)采自江苏、浙江、上海等地无血缘关系的无关个体;2个三代7口家系采自苏州…     

荧光标记3个miniSTR基因座复合扩增系统的建立

目的建立扩增片段<135bp,包括D5S818,D8S1179,D16S539 3个miniSTR基因座复合扩增系统。方法采用不同荧光染料标记引物,通过PCR扩增,利用ABI 3100遗传分析仪进行片段长度分析,对100份无关个体血样,10个家系样本以及30份高度降解检材进行检测。结果本系统DNA分型结果与AmpFLSTR Identifiler试剂盒完全一致,且灵敏度高于AmpFLSTR Identifiler试剂盒。结论本系统可以应用于个人识别和亲权鉴定,为降解DNA样本分型提供了新的方法。