河北汉族人群X染色体3个STR基因座遗传多态性

本文调查了X染色体3个STR基因座在河北汉族人群中的遗传多态性,现报道如下。1材料与方法1.1材料血液样本来自河北汉族无关个体,男114名,女118名。1.2方法血液样本用酚-氯仿法提取DNA。3个基因座的引物序列参照基因组数据库(www.gdb.org),由北京赛百盛生物工程有限公司合成。扩增采用20μl反应体系,其中包括:10×buffer 2.0μl,DXS6801、DXS7424、DXS9902引物浓度分别为1pmol/μl、0.5pmol/μl、1pmol/μl,模板20ng,25mmol/L MgC l21.2μl~1.6μl,TaqDNA聚合酶1U,10mmmol/L dNTP 0.2~0.4μl。热循环参数参考Edelmann等[1,2]人的…     

山西汉族人群DYS460基因座遗传多态性

本文对山西地区汉族群体的DYS460基因座遗传多态性进行了调查,现报道如下。1材料与方法1.1样品100名无关男性个体和20名女性个体来自山西汉族人群,取外周血1ml,用EDTA抗凝,DNA提取采用TKM法[1]并做相应调整:TKM破坏红细胞,白细胞用2×蛋白酶K消化液(20 mmol/L Tris-HCl,pH7.6;20 mmol/L EDTA,pH8.0;300 mmol/L NaCl;1%SDS)和蛋白酶K(100μg/ml)55℃水浴3~5h。酚-氯仿抽提,无水乙醇沉淀,最后溶于无菌去离子水中。1.2方法引物引物序列参照基因库GDB,由大连TaKa-La公司合成。PCR扩增及电泳检测50μl反应体系,含50~100ng基因…     

河南汉族群体D4Satt、D5Saat miniSTR基因座遗传多态性

在法医学实践中,严重降解或者微量的生物检材采用STR分型,结果常不理想,而miniSTR技术是有效的一种检测方法[1]。本文从人类基因组DNA序列中查找并对D4Satt、D5Saat2个miniSTR基因座进行分型检测,希望可在日常法医学鉴定中作为核心STR基因座的补充[2]。1材料与方法1.1样本和DNA的提取134例河南汉族健康无关个体枸橼酸钠抗凝血样取自郑州市中心血站。采用酚-氯仿法提取DNA。1.2引物设计从GeneBank上下载4、5号染色体DNA序列,用Tandem repeats finder软件在距常用STR基因座较远的区域(50Mb以外)查找重复单位为3bp,连续重复12次以上的STR基因座。用Primer3软件设计引物,使扩增片段在150bp以内。引物由上海生工生物工程技术服务公司合成(表1)。1.3 PCR扩增及产物检测PCR扩增体系总体积20μL,包括1ng模板DNA,10×Buffer(含Mg2+1.5mmol/L)2μL,10mmol/LdNTPs 0.4μL,100μmol/L正反向引物各0.1μL,Taq表1 2个MiniSTR基因座一般信息基因座引物序列(5′-3′)重复区结...     

3个X—STR基因座复合扩增

X染色体由于其特殊的遗传方式,已受到了法医DNA工作者的重视,研究X-STR的多态性和分型已成法医学上研究内容之一。为了发掘和利用X-STR的多态性,本研究用复合扩增和银染法对3个X-STR基因座的多态性进行了研究并调查了广东汉族群体遗传学数据。1材料和方法血液标本来自本室日常检案样本和附属一院妇产科样本,用Chelex-100法提取DNA。DXS7132,DXS6789和GATA172D053个基因座引物序列参照文献[1],均由上海生物工程有限公司合成。PCR扩增总体积12.5μL,内含dNTP200μmol/L,MgCl21.5mmol/L,KCl50mmol/L,10mmol/L Tris-HCl(pH=…     

5个Y-STR基因座复合扩增及其单倍型

多个Y STR基因座复合扩增在国内外已得到应用[1、2 ] 。本文作者报道用银染法复合扩增DYS389II、DYS389I、DYS390、GATA A7 2和DYS393等 5个Y STR基因座 ,并对广东汉族 4 15名无关男性个体进行基因分型调查。1　材料和方法1 1　材料4 15份广东汉族无关男性个体血样来自本室日常检案标本 ,用Chelex 10 0法提取DNA。1 2　引物序列DYS389Ⅱ、DYS389Ⅰ、DYS390、GATA A7 2和DYS393等 5个基因座引物序列见文献 [3、 4 ],由上海生物工程有限公司合成。1 3　PCR扩增条件总体积 2 5 μl,内含dNTP 4 2 0 μmol/L ,MgCl23 0mm…     

浙江汉族人群15个STR基因座遗传多态性

本文应用PowerPlex 16荧光标记复合扩增系统,对浙江汉族510名无关个体15个STR基因座进行遗传学调查,现报道如下:1材料与方法1.1样本510名浙江汉族无关个体的血样来自浙江全省各地,系本实验室日常检案积累。1.2实验方法所有血样均采用硅珠法提取DNA[1]。参照文献[2]采用10μl扩增反应体系,其中包括:Gold STR 10×Buffer 1μl,Taq Gold DNA聚合酶0.3μl,10×Primer PairM ix 1μl,模板DNA 1μl(DNA量控制在0.5~1ng),用无菌去离子水补足体系,混匀,稍加离心后置AB I 9700型扩增仪中进行扩增。热循环参数为:95℃11m in,96℃1m in,然…     

安徽地区汉族人群15个STR基因座遗传多态性

应用荧光标记引物复合扩增技术,对安徽地区263名汉族无关个体的D3S1358、TH01、D21S11、D18S51、Penta E、D5S818、D13S317、D7S820、D16S539、CSF1PO、Penta D、vWA、D8S1179、TPOX、FGA等15个STR基因座的多态性调查,现报道如下。1材料与方法1.1样本及DNA提取263例汉族无关个体血样由本实验室日常检案积累,采用常规Chelex法提取样本DNA[1]。1.2复合扩增及分型按PowerPlexTM(Promega公司)16 System试剂盒说明书进行复合扩增及分型。PCR反应总体系10μl,其中Buffer 1μl,primer 1μl,Taq Gold酶0.3μl,DNA模板适量,…     

X染色体DXS101、HumDXS6807基因座初步研究

本文对200名浙江汉族无关女性个体分别进行DXS101和HumDXS6807基因座检测,为X染色体在法医学中的应用提供基础数据。1材料与方法1.1实验材料200名无关汉族女性个体的血样均来自浙江全省各地,系本实验室日常检案积累。1.2实验方法采用Chelex-100快速法[1]提取DNA。DXS101和HumDXS6807基因座引物,由上海生工生物工程公司合成[3,4];PCR扩增按参考文献[2],其中DXS101和HumDXS6807引物浓度分别为0.5mmol/L和0.3mmol/L。构,并按国际法医血液遗传学会DNA委员会推荐的命名原则进行命名[5]。产物检测方法参照文献[2],在ABI3100型基因…     

261例山东汉族人D6S1043、D12S391基因频率调查

本文应用STR复合扩增技术扩增,调查了261份山东汉族人群D6S1043、D12S391基因座的分布,获得相关遗传学数据,报道如下。1材料和方法261份无关个体血样,系本实验室日常办案积累。所有血样均采用chelex-100法提取DNA。按Sinofiler（AB公司,美国）试剂盒说明书进行复合扩增,反应体系为10μL,其中混合液4μL,引物2.2μL,金标Taq酶0.2μL,模板DNA适量,加去离子水至l0μL,置于9700扩增仪中扩增。     

福建汉族人群12个Y-STR基因座遗传多态性

本文应用PCR技术对福建汉族群体189名无关男性个体12个Y-STR基因座遗传多态性进行调查,现报道如下。1材料与方法1.1实验方法福建省各地189名汉族男性无关个体的血样,系本实验室日常检案积累。Chelex-100法[1]提取DNA。采用12.5μl扩增反应体系,其中包括:引物、PCR缓冲液各1.25μl;Taq Gold DNA聚合酶0.3μl;模板DNA 1μl;无菌去离子水补足体系。热循环参数参照PowerPlex Y System试剂盒推荐方法。1.2统计学分析[2]用直接计数法计算各基因座等位基因和单倍型频率。基因差异性(gene d iversity,GD)的计算公式:GD=n(1-∑X i2)/(n-…     

中国汉族人群2个高变MVR基因座遗传多态性

常染色体小卫星基因座D16S309(MS205)位于16p13.3(AE006466)[1],核心序列为45~54bp,重复次数8~87次[2]。D2S44(YNH24)基因座位于2q21.3-q22(AJ001534)[3],核心序列为31bp。本文采用MVR-PCR技术,选择重复单位3′侧翼区引物(公共引物)和MVR特异性引物匹配进行PCR扩增,对中国河北汉族人群2个基因座遗传多态性进行了调查。1材料与方法1.1样本及DNA提取116份枸橼酸钠抗凝血样由河北省血液中心提供,采自无血缘关系汉族健康个体。常规饱和酚-氯仿法提取DNA。1.2MVR-PCRD16S309引物序列参见文献[2,4]。反应体系为25μl,分别加入5μl…     

微量PCR反应体系在两种试剂盒中的应用

美国AB I公司的Profiler PlusTM试剂盒和Identifi-lerTM试剂盒在当前法医DNA检案中应用广泛,但价格昂贵。本实验利用5μl体系进行PCR扩增取得满意效果,降低了检验成本。1材料与方法1.1材料法医DNA检案中常规检材,血痕、精斑、烟蒂和毛发(带毛囊)各20份。Profiler PlusTM试剂盒和IdentifilerTM试剂盒(AB I,USA)。1.2方法1.2.1 DNA提取上述检材采用Chelex-100法[1]提取模板DNA。取9mm2血痕加入5%Chelex-100150μl,56℃2h;精斑经两步法视镜检精子量多少酌情加入5%Chelex-100 150~250μl,PK 10μl(2mg/m l),DTT 10μl(1mol/L…     

毛干mtDNA单倍型母系家系排查法侦破命案

笔者在实践工作中遇到利用受害者指尖粘附微量毛干线粒体DNA(m tDNA)测序的多态信息,最终成功侦破一起命案,现报道如下。1材料与方法1.1简要案件及样本DNA的提取2008年9月某市发生一命案,现场提取死者(杨某,女)指尖粘附约1cm长毛干及胸部、膝关节上毛发各1份;杨某丈夫(王某)和杨某血痕,编号1~5。按母系遗传关系排查的杨、金、何、刘姓嫌疑人血痕各1份,编号6~9。参照张纯斌等人[1]的方法提取毛干m tDNA;有机法提取血痕m tDNA。1.2巢式PCR扩增m tDNA高变区I(HVRI)15996-16401区域长片段的PCR扩增,上、下游引物序列为L15996:5-′CTCCAC-CATTAGCACCCAAAGC-3;′H16401:5-′TGTTTCACG-GAGGATGGTG-3′。15μL反应体系包括含镁离子10×PCR缓冲液1.5μL,5mmol/L dNTP1μL,1μmol/L正反向引物各1μL,0·2μL(5U/μL)TaqDNA聚合酶,0·5μLDNA(50ng/μL),余量用水补足。PCR反应条件:95°C变性2m in,94°C变性20s,58°C退火20m in,72°C...     

安徽汉族人群11个Y-STR基因座遗传多态性

本文采用Promega公司PowerPlex(Y系统,对安徽地区255名汉族无关男性个体11个Y-STR基因座遗传多态性进行了调查,现报道如下。1材料与方法1.1样本255名安徽汉族无关男性个体的血样/口腔擦拭物等,来自合肥市红十字会中心血站和本实验室日常检案积累。1.2方法采用Chelex-100法[1]提取DNA,10μl扩增反应体系,在9700型扩增仪上进行扩增,扩增产物用AB I 3100型基因分析仪检测。1.3数据分析各基因座等位基因与单倍型检出频率采用直接计数法,等位基因多样性及单倍型多样性GD值按公式GD=n(1-∑Pi2)/(n-1)计算[2]。n为检测的样本数,Pi为第i个…     

闽南地区汉族人群12个Y-STR基因座遗传多态性

近年来,Y染色体短串联重复序列作为常用的Y染色体特异性遗传标记在法医学个人识别和亲子鉴定以及人类进化研究中具有独特的作用[1,2]。本文调查了闽南地区汉族人群109名无关男性个体12个Y-STR基因座,现报道如下。1材料与方法1.1样本109份无关男性个体,血样采自调查证实3代以上居住于福建省安溪县与南安市的汉族群体。1.2 DNA提取常规chelex-100快速提取法或盐析法提取基因组DNA。1.3 PCR复合扩增采用PowerPlex Y System试剂盒(美国Promega公司),总反应体系为10μl,其中Gold STR 10×Buffer1μl,PowerPlex Y 10×Primer PairM i…     

河南汉族人群12个X-STR基因座遗传多态性

正采用AGCU X-12荧光标记复合扩增系统,对河南汉族群体12个X-STR基因座的遗传多态性进行调查,旨在为法医学应用及群体遗传学研究提供基础数据。1材料与方法1.1样本538例河南汉族无关个体纸质血样取自作者实验室日常建库积累,男性269名,女性269名。1.2 X-STR扩增及分型检测采用AGCU X-12免提系统(无锡中德美联生物技术有限公司)进行复合扩增,反应体系为10μL,内含反应混合物4μL,引物2μL,C-Taq(2.5U/μL)DNA聚合酶0.25μL。热循环参数为:95℃2min;94℃1min,58℃1min,72℃1min,30个循环;60℃60min;4℃保温。取1μL扩增产物与0.5μL内标Siz-500和10μL去离子甲酰胺混合,95℃变性3min后,冰浴     

山东沂源县汉族人群18个STR基因座遗传多态性

正本文应用DNA TyperTM15 plus试剂盒(公安部物证鉴定中心)对山东省沂源县1012名汉族无关个体18个STR基因座遗传多态性进行调查,为法医学及相关研究与实践提供遗传学资料。1材料与方法1012名常住沂源县汉族无关个体血样(男性741例,女性271例)均系本实验室日常工作积累。采用DNA TyperTM15 plus试剂盒10μL反应体系免提取直接扩增[1]。扩增产物应用ABI 3500基因分析仪检     

青海省蒙古族15个STR位点遗传分析

本文对居住在青海省蒙古族的126个无关健康个体,进行D8S1179、D21S11、D7S820、CSF1PO、D3S1358、TH01、D13S317、D16S539、D2S1338、D19S433、vWA、TPOX、D18S51、D5S818和FGA等15个STR基因座遗传学调查,结果报告如下。1材料与方法样本青海地区的126个无关健康知情个体血痕(三代以内居住在本地区)。DNA提取及扩增基因组DNA用Chelex-100进行提取[1]。使用AmpFLSTR Identifiler试剂盒进行15个常染色体PCR复合扩增。扩增总体系10μl,其中0.9μl(2ng/μl)DNA样本,2.9μl双蒸水,4μl dNTP,0.2μl金牌酶,2.0μl引物。用…     

15重快速STR复合扩增体系的构建

目的建立一套15重快速STR复合扩增体系。方法选择14个常染色体基因座以及1个性别基因座,采用Fast Start Taq DNA聚合酶系统,以DNA标准品9947A为模板,通过筛选扩增条件、选择热启动酶用量、调整引物平衡、优化快速扩增程序、筛选反应缓冲液、选择反应体系以及筛选添加剂等一系列复合扩增实验,比较各条件下等位基因丢失和非特异性扩增情况。结果在以1 ng DNA为模板、0.4μL聚合酶及10×Fast Start高保真反应缓冲液构成10μL快速体系的条件下,32 min即可获得标准DNA全部15个STR基因座的完整分型,无等位基因丢失和非特异性扩增现象,等位基因均衡性良好。同时,5%甘油、0.01%明胶、0.05%明胶和5 mmol/L硫酸铵可作为PCR扩增过程中拟加入的反应添加剂。结论本研究建立的15重快速STR复合扩增体系可以明显缩短反应时间,提高样品检测效率。     

3种提取高度腐败检材DNA的方法比较

本文对3种DNA提取方法在高度腐败检材DNA提取中的应用进行了比较,供法医学实践参考。1材料与方法1.1材料3份检材均为尸体肋软骨,其中1号为死后在水里浸泡18天解剖,酒精固定2年的检材,2号检材为死后15天解剖,酒精固定1年的检材,3号检材为死后10天解剖,后酒精固定1月的检材。1.2 DNA提取Chelex-100法[1]3份检材各500mg剪粹,分别加入200μl 5%Chelex-100,10μl PK(10mg/m l),10μlDTT(39mmol/m l二硫苏糖醇),37℃水浴过夜,100℃加热10m in,剧烈震荡,10 000 r/m in离心10m in,上清备用。有机法[2]3份检材各500mg剪粹,分别加入400μl TES…