基于微生物标记物鉴别唾液、阴道分泌物的多重荧光标记复合扩增检测体系构建

目的 构建基于微生物标记物的荧光复合检测体系，实现对唾液斑迹、阴道分泌物斑迹的区分鉴别。方法经文献检索结合本实验室前期工作，根据特异性和丰度筛选唾液和阴道分泌物微生物标记物；制备唾液斑迹、阴道分泌物斑迹样本，提取总DNA，利用毛细管电泳技术构建基于微生物标记物鉴别唾液、阴道分泌物的多重荧光标记复合扩增检测体系，并使用体液斑迹样本对体系特异性、灵敏度进行检验。结果 本研究筛选出5个唾液微生物标记物（微黄奈瑟氏菌Neisseria subflava、非典型韦荣氏菌Veillonella atypica、唾液链球菌Streptococcus salivarius、口腔链球菌Streptococcus oralis、凯托卟啉单胞菌Porphyromonas catoniae）和3个阴道分泌物微生物标记物（卷曲乳杆菌Lactobacillus crispatus、加氏乳杆菌Lactobacillus gasseri、短双歧杆菌Bifidobacterium breve），利用毛细管电泳技术构建了8重微生物荧光标记复合扩增检测体系，并使用140份样本对体系特异性进行验证；测试结果显示，唾液和阴道分...     

16个线粒体DNASNP复合检测体系的建立

目的建立一种复合检测线粒体DNA（mtDNA）单核苷酸多态性（SNP）分型的方法。方法通过设计等位基因特异性引物并结合毛细管电泳分型技术平台,建立包含16个mtDNASNP位点的复合扩增检测体系。对50名汉族无关个体血样进行mtDNASNP检测,并通过直接测序法对其分型结果进行验证。结果50个样本经本检测体系复合扩增后,均得到清晰的SNP分型结果,当模板量在0．5～10pg时能得到较理想的分型图谱。样本的复合检测结果与直接测序法结果完全一致。结论建立的复合检测体系检测mtDNASNP方法灵敏度高、操作简便、分型准确,为针对mtDNA进行简便、有效的中高通量多态性分型提供了一种新方法。     

SNP-STR遗传标记复合扩增体系的构建及法医学应用

目的筛选并构建与目前STR数据库兼容的SNP-STR遗传标记复合扩增体系,调查其在四川汉族群体中的遗传多态性,并探讨其在混合DNA样本分析中的应用价值。方法以现有商业试剂盒中使用的STR遗传标记为基础,筛选与STR遗传标记相邻的SNP位点并组成SNP-STR遗传标记。运用SNP等位基因设计特异性引物,构建基于等位基因特异性扩增的SNP-STR遗传标记复合扩增体系。调查该体系在四川汉族群体的遗传多态性,并评价不同位点数目的体系对两个体混合DNA样本的检测效能。结果筛选并构建了由13个SNP-STR遗传标记构成的等位基因特异性复合扩增体系。在四川汉族群体中,各位点杂合度为0.76～0.88,累积个体识别率达0.999 999 999 999 999 968。在对两个体混合DNA的分析中:单位点扩增时,混合样本的混合比例达到1 000∶1时依然可以检测到少量成分所特有的分型;多位点复合扩增时,混合比例最大可达500∶1;随着体系中位点数量的增加,对混合DNA中少量成分的检测效能降低。结论SNP-STR遗传标记较STR具有更高的多态性,其构成的复合扩增体系对混合样本的分析效能优于传统的STR复合扩增体系。     

基于DNA甲基化的三种常见体液组织来源鉴定

目的针对唾液、精液、外周血,找到一组可用于区分不同体液的组织差异性甲基化位点,为确定案件现场提取的体液组织来源提供科学依据。方法选取常见体液样本共49份,运用Illumina 850K甲基化芯片进行全基因组甲基化检测,筛选获得17个候选CpG位点;使用焦磷酸测序对55份样本进行测序,实际共检测了候选位点及其附近的位点共34个CpG位点。选择基于赤池信息量(AIC)的逐步条件多分类逻辑回归方法进行数据分析。结果基于3个CpG位点(cg25373595、cg18121066、cg17283169)构建了多分类逻辑回归模型用于体液组织来源预测,分别位于RAP1GAP2,TBCD,CALML3基因上。该模型对精液来源预测的AUC、灵敏度和特异性均为1,对唾液和静脉血来源的预测AUC和灵敏度均为1,特异性分别为0.99和0.98。在独立的唾液、精液和静脉血3种体液共24份样本中对该预测模型进行验证,预测结果全部正确。结论本文建立的基于3个CpG位点的体液组织来源鉴定方法可以实现唾液、精液和静脉血3种体液的有效区分,在法庭科学中具有潜在的应用价值。     

应用高通量测序DNA甲基化差异体液识别研究

目的通过检测和分析DNA甲基化差异的方法识别三种法庭科学犯罪现场常见体液(唾液斑、精液斑、血液斑)细胞来源。方法利用亚硫酸氢盐法对唾液斑、精液斑、血液斑的DNA样品进行甲基化处理,对由文献[1]和实验过程中筛选得到的甲基化位点进行illumina高通量测序,检测三种体液斑中细胞DNA的甲基化程度,并通过BP神经网络分析每一个位点的甲基化程度与细胞来源的关系及全部检测位点的甲基化程度联合与细胞来源的关系。结果运用BP神经网络对35份样品的73个位点的甲基化程度进行训练和预测,可以将唾液、精液、血液三种来源的DNA样本分开,其准确率达到77.3%。其中精细胞在L81528位点中表现为高甲基化,唾液和血液表现为低甲基化,可将精细胞准确鉴别出来。结论本研究建立的高通量测序分析DNA甲基化差异的方法可通过增加检测位点和样品数量进一步提高识别体液细胞来源的准确率。     

同时鉴定9种肉源种属的复合检测体系的建立及其应用

目的建立一种可以同时鉴定猪、牛、羊、鸡、鸭、猫、狗、鼠和鲤鱼的多重PCR检测方法,并测试其技术性能指标,评估其在法医学或食品安全事件中的应用价值。方法根据上述9种动物的线粒体细胞色素b基因,利用其片段中种间特异性强的序列设计引物,采用毛细管电泳检测平台对各种属PCR扩增产物进行检测,依据扩增片段长度的差异与标记的荧光对初始模板的肉源种属进行鉴别;并通过扩增特异性、实际样本测试、混合样本检测灵敏度等指标评价该方法在实际法医学或食品安全案件中的应用价值。结果经过验证,建立的同时鉴定9种肉源种属的复合检测体系对其中任意一个种属的检测特异性均较高,且灵敏度较强,能够满足绝大多数法医学或食品安全案件中的检测要求。结论本研究建立的肉源种属复合检测体系可以在法医学未知种属样本的鉴定及食品安全肉类掺假等案件中提供帮助。     

9色荧光STR复合扩增体系的构建及验证

构建一套包含39个常染色体基因座及Amelogenin性别基因的9色荧光STR复合扩增体系，并验证其在微量与降解检材中的应用效果。根据中国人群核心基因座推荐标准及实际办案需要，筛选出合适的候选基因座，设计引物并以9种荧光染料对其进行标记，构建复合扩增体系并优化；对该体系进行灵敏度、种属特异性、稳定性等确证实验，并通过检验案件样本做进一步评估。结果表明：一套包含39个常染色体STR基因座及Amelogenin性别基因座（其中28个基因座<300 bp）的9色荧光复合扩增体系构建成功。各基因座均衡性良好，灵敏度达0.125 ng，对常见PCR抑制剂具备一定的耐受能力。两性混合样本最低检测比例为1∶4；适用于不同类型案件样本检测，且与市场上其他同类试剂盒比对分型结果一致，种属特异性较好。所构建体系首次采用9色荧光标记技术制成复合扩增试剂，一次性检出基因座数量多，系统效能高；该体系构成以miniSTR为主，对于微量降解检材具有较高的实际应用价值。     

溺死相关浮游生物基因座的复合扩增体系

目的构建溺死相关浮游生物基因座的复合扩增体系,验证体系特异性并评估其在法医溺死诊断中的应用价值。方法针对溺死相关浮游生物同源基因序列,设计特异性引物,并用FAM、HEX、TAMRA、ROX、SIZ荧光染料分组标记,构建复合扩增体系;进行体系特异性验证;以16例实验猪样本评估体系检验效能;复合扩增体系、硅藻形态学MD-VF-Auto SEM检测法及硅藻rbc L基因PCR-CE检测法分别检测28例案件样本,比较分析应用效果。结果该复合扩增体系共包含14个基因座,可特异性扩增35种浮游藻类和3种浮游细菌,人、3种人体共生菌及8种浮游细菌均为阴性。以该体系检测溺死实验猪,阳性率为90%,非溺死实验猪均未检出;检测溺死案件样本,阳性率为96%,非溺死案件均未检出。复合扩增体系与MD-VF-Auto SEM法检测案件尸体肺、肝和肾的阳性率均不具有统计学差异(P>0.05),但其与硅藻rbcL基因PCR-CE法检测案件肝和肾的阳性率均具有统计学差异(P<0.05)。结论本文针对多种溺死相关浮游生物14个基因建立的复合扩增体系,具备多种靶物种的特异性遗传标记,且所需检材量小,提高了检测效能,在法医溺死鉴定中具有良好的应用前景。     

常染色体21个SNPs多态性分型方法研究

目的建立常染色体21个SNPs的多态性分型方法。方法采用荧光标记公用引物和等位基因特异性引物原理设计SNP复合扩增引物体系,对45个备选SNP位点筛选,选出21个及性别Amelogenin构成复合扩增体系。PCR产物经3130XL型电泳仪电泳分离,GeneMaperTM3.0数据分析软件分析结果。同时随机选取6份样品,使用测序方法对SNP分型并进行测序验证。结果应用本研究建立的复合扩增体系扩增样品,产物经毛细管电泳后,每个SNPs均可正确判定基因型。随机选取6份样品SNPs位点测序结果显示,荧光标记SNPs复合扩增分型与直接测序结果完全一致。结论本研究建立的荧光标记公有引物特异性片段常染色体21个SNPs复合扩增方法是SNP多态性分析的一种有效方法,并有助于解决SNP分型识别能力、效率、通量和高成本的问题。     

一种改良骨骼DNA的提取方法

采用十六烷基三甲基溴化铵(简称CTAB)及两次纯化浓缩的方法提取骨骼DNA,利用荧光标记复合扩增、自动毛细管电泳与分型的技术,成功检测到14个STR位点的分型.该方法稳定、结果可靠,为严重降解骨骼DNA的提取提供了一种可参用的方法.     

国产法医DNA检验试剂耗材检测DNA标准品的准确性研究

目的利用法医DNA标准品对自主研发的法医DNA检验试剂耗材进行电泳检测准确性的实验考查。方法实验平台分为2个：平台1全部由美国AppliedBiosystems公司进口的3130xl遗传分析仪、16道电泳毛细管与甲酰胺、电泳缓冲液、凝胶构成;平台2由AppliedBiosystems公司进口的3130xl遗传分析仪、16道电泳毛细管与本实验室研发的甲酰胺、电泳缓冲液、凝胶构成。在实验平台上对allelicladder、内标等标准品以及阳性对照9947a的STR复合扩增产物进行电泳检测,利用GeneMapper软件对电泳结果进行分析。结果自主研发的法医DNA检验试剂耗材可与国外进口的3130xl遗传分析仪配套使用,构建的实验平台对法医DNA标准品的检测结果准确无误。结论自主研发的甲酰胺、电泳缓冲液、凝胶等法医DNA检验试剂耗材检测准确性达到了国外同类产品水平。     

STR复合扩增及荧光检测技术在个体识别中的应用

目的 :使用 310型遗传分析仪对D3S1358等 10个位点进行基因型检测并应用于法医物证学个体识别案件。方法 :用PCR复合扩增结合四色荧光检测技术对样本DNA进行基因分型。结果 :常见物证检材可成功地得到检验。结论 :这些位点适用于法医物证学个体识别。     

DNA甲基化在法医学中的应用前景及其检测方法新进展

DNA甲基化是一种重要的表观遗传标记。新近的一些研究表明,DNA甲基化在二联体亲权鉴定、同卵双生子法医学个体甄别等案例中可能具有一定的应用前景,可作为STR或SNP等经典遗传标记的有益补充。目前基于甲基化敏感的限制性核酸内切酶、重亚硫酸盐转化以及甲基化CpG结合蛋白等原理已建立了一系列的DNA甲基化检测方法。甲基化敏感的单核苷酸引物延伸、实时荧光PCR、甲基化特异性PCR、甲基化特异性多重连接反应依赖性探针扩增、光纤微珠芯片等位点特异性DNA甲基化检测方法都可用于已知CpG位点甲基化状态的检测并可能在法医学实验室具有一定的应用前景;AIMS、HELP、COMPARE-MS等通过对基因组范围内的DNA甲基化扫描分析,可发现具有潜在法医学应用价值的DNA甲基化位点。     

基于切口酶的等温全基因组扩增体系的建立与应用

目的 建立依赖切口酶Nt.BstNBI的等温全基因组扩增体系，并对该体系的微量生物物证STR分型效能进行验证。方法 选用切口酶Nt.BstNBI（识别序列为GAGTC）和等温扩增的聚合酶Bst，建立切口酶依赖的扩增体系（NDA）。对DNA样本进行NDA并纯化NDA产物，对NDA前后的样本进行复合扩增和毛细管电泳，检测该方法的有效性、灵敏性。结果 007标准品12个常染色体基因座的扩增效率提高2倍以上，灵敏度约为3 pg/μL;19个Y染色体个基因座的扩增效率提高2倍以上，灵敏度约为6 pg/μL。8个人血样本扩增效率提高2倍以上的常染色体基因座与007标准品一致。结论 本文建立的NDA体系准确性好，能够对包含特定侧翼序列的STR基因座进行有效的线性扩增，对法医微量生物物证的高效扩增检测具有重要意义。     

荧光标记复合扩增毛细管电泳法在SNP分型中的应用

目的采用荧光标记复合扩增毛细管电泳法，对辽南地区汉族人群13个SNP进行等位基因频率调查，并评价其法医学应用价值。方法选择13个双等位基因SNP，应用荧光标记片段长度差异等位基因特异性复合扩增SNP分型方法，对辽南地区汉族人群进行群体调查。结果每个SNP纯合子为单一产物峰，杂合子则为长度不同的两个产物峰。不同位点扩增产物长度不同，根据产物长度和产物峰数量进行SNP分型，其结果与直接测序完全一致。同时获得辽南地区汉族人群13个SNP等位基因频率。结论采用荧光标记复合扩增毛细管电泳法进行SNP分型，方法简单实用，在法医学个人识别领域具有较高的应用。     

AS-PCR技术检测20个mtDNA SNP位点及单倍型频率

目的基于等位基因特异性PCR(allele-specific PCR,AS-PCR)技术,建立一种三色荧光标记复合扩增检测线粒体DNA(mtDNA)SNP的方法。方法基于AS-PCR原理,选择20个mtDNA编码区SNP位点,分为两组,分别标记FAM和HEX荧光,每个位点设计具有长度差异的两条上游(下游)等位基因特异性引物以及一条下游(上游)通用引物。结合AS-PCR技术和毛细管电泳,检测200份无关个体血样。各位点随机选取至少3个样本进行直接测序验证,并进行单倍型频率调查。结果 200份血样均得到清晰分型,各位点的检测结果与直接测序结果完全一致。10μL体系下,DNA最低检测浓度为0.2pg,当模板量为0.5~5 pg时能得到较为理想的分型图谱。在200名无关个体中,共分出15种单倍型,单倍型多样性为0.906 0。结论 AS-PCR技术是一种简单、快速且有效的mtDNA SNP分型方法,适用于法庭科学检验的需求。     

法医SNP复合检测体系的构建及应用

目的构建48-SNP位点复合检测体系,用于个体识别、性别鉴定、ABO基因分型。方法采集225份无关个体样本(血斑及口腔拭子),18份案例样本(不同组织及体液斑),选择43个常染色体位点、4个ABO基因位点和1个性别鉴定位点,根据单碱基延伸技术通过GenomeLabTMSNPstream基因分型系统进行SNP分型;并检测体系灵敏度、同一个体不同组织同一性及模拟腐败检材。结果 48-SNP体系分型结果与测序结果的一致性为100%,最小DNA检出量为0.25ng,不同组织来源样本检测同一性很好;利用该体系检测225名无关汉族个体,所有位点均符合Hardy-Weinberg平衡,整个系统的随机匹配概率为9.4×10-18,累积非父排除率(CEP)为0.999 788,累积个体识别率大于0.999 999 999 999 999 99。结论本文48-SNP体系能同时进行个体识别、ABO基因分型和性别鉴定,可以作为现有STR检验体系的补充。     

鉴别外周血与月经血的六重mRNA荧光复合检测体系构建

目的基于外周血、月经血中特异的mRNA分子标记,建立一种能有效鉴别外周血与月经血的六重mRNA荧光复合检测体系。方法通过文献及数据调研,筛选出在外周血和月经血中特异性表达的mRNA标记分子,设计并验证引物。经过总RNA提取、逆转录、多重PCR(MPCR)扩增、遗传分析仪电泳检测分析等步骤,构建一个基于毛细管电泳技术的六重mRNA荧光复合检测体系,并使用38份样本对体系进行检测验证。结果在外周血样本中检测到外周血标记(HBB、HBA)和管家基因(GAPDH、ACTB)的表达;在月经血样本中检测到所有标记(HBB、HBA、MMP7、MMP10、GAPDH、ACTB)的表达;在非血样本中只检测到管家基因(GAPDH、ACTB)的表达。结论本研究构建的六重mRNA荧光复合检测系统可以有效鉴别外周血与月经血样本。     

30个中低突变Y-STR基因座复合扩增体系的建立

目的建立30个中低突变Y-STR基因座的复合扩增体系,并对其性能进行评估。方法采用六色荧光标记技术,选择30个中低突变率、中高多态性的Y-STR基因座自行设计引物,进行复合扩增和毛细管电泳检测。检测该体系的准确性、特异性、灵敏度和耐受性,并观察其在混合检材的分型情况。结果采用本体系,分型结果准确稳定、特异性好、耐受性强,灵敏度达0.0625ng,混合检材在1:4的比例下,可获准确分型。结论本研究建立的30个Y-STR基因座的复合扩增体系分型结果良好,对于中国人群的法医Y-STR数据库建设和群体遗传学研究具有重要意义。     

荧光STR复合扩增试剂盒的评估过程探索

STR复合扩增检验技术是目前法医DNA检验技术中最重要也是最常用的技术种类之一，随着荧光检测技术和毛细管电泳技术的发展，特别是DNA数据库建设中丰要采用STR复合扩增技术进行基因分型，大大拓展了STR复合扩增检验应用范围。与此同时，STR复合扩增检验试剂成为影响检验质量的重要因素，关系到样本检验分型结果，而分型数据是为法庭提供证据的直接依据，