浅析混合样品荧光STR图谱的个体分离

在日常案件DNA检验过程中,经常会遇见两个或多个个体混合在一起的STR图谱.迄今为止,多人份样品混合后确定各个体基因型仍为法医DNA检验的难题.作者通过对荧光STR图谱中各峰值进行定量分析研究,在已知一个体STR分型的前提下,确定两个体混合样品(下文中所述混合样品均指两个体的混合样品)荧光STR图谱中另一个体的STR分型进行浅析,现报道如下:     

混合STR分型分析方法研究进展

混合STR分型的解释及分析一直是国际上法医物证领域研究的热点和难点。随着DNA检验技术的发展,案件中检出的混合STR分型呈现出模板量降低以及混合组分数增加的趋势,其解释变得愈加复杂,传统的人工分析方法已难以满足现实要求。近几年国外基于统计算法模型的自动化软件解析方法渐趋成为混合STR分型分析的主要方法。本文综述了混合STR分型分析方法的相关研究进展,包括人工为主的定性分析方法以及基于统计模型的基因型概率分析方法;讨论了混合STR分型分析方法的未来发展趋势以及人工智能技术的应用前景。     

MiniFiler试剂盒运用于法医微量物证的检验

目的应用MiniFiler试剂盒对法医微量物证进行DNA分析。方法采用MiniFiler试剂盒对样本进行DNA分型,确定样本9个STR基因座的等位基因型。结果10pg DNA模板经MiniFiler试剂盒扩增后,能够进行DNA分型,但40pg以上的DNA方可得到稳定可靠的分型结果。结论MiniFiler试剂盒可以用于法医微量物证的STR分析。     

STR图谱分析中的问题及对策

STR图谱分析是STR检验的最后一步,对STR图谱正确分析解读会影响并决定数据的有效性。在STR图谱分型中常见的影响因素有以下几种：出现OL峰,其常见原因有稀有等位基因、电泳漂移、pullup峰、染料峰、荧光污染峰等;出现微量DNA致等位基因丢失,需要多次扩增或浓缩后扩增来帮助判断等位基因的个数;出现引物结合区的变异致无效等位基因,可以通过不同试剂盒的扩增来纠正[1];出现三等位基因,常见的原因有疾病或体细胞突变,疾病会致染色体和基因的复制影响到个体的所有细胞,     

MiniFiler及Yfiler试剂盒无创产前亲子鉴定的可能性探究

目的采用Mini Filer~(TM)及YFiler~(TM)试剂盒对孕妇血浆进行STR分型,评估上述试剂盒进行无创产前亲子鉴定的可行性。方法采用Mini Filer~(TM)及YFiler~(TM)试剂盒,对2例成人男性的全血及血浆进行STR分型,评估血浆检材的分型准确率及适用性;对8组已知亲子关系的孕妇家系(4组非父,4组亲父,均为男胎样本)采用Mini Filer~(TM)及YFiler~(TM)试剂盒进行STR分型,对STR分型图谱直接观察,总结归纳孕妇血浆STR图谱的特征,探讨进行无创产前亲子鉴定的可行性。结果血浆检材的STR分型结果与全血STR分型结果 100%一致,且等位基因峰高接近,表明血浆是一类可以进行STR分型的检材;观察8组孕妇血浆检材的STR分型图谱,可获得2~5个可用(含胎儿STR信息)Mini-STR位点,1~8个可用Y-STR位点,且在位点充足的情况下(6个),肯定父权家系可计算累计父权指数达192 653,否定父权家系中有3~7个位点支持否定父权。结论采用Mini Filer~(TM)及Yfiler~(TM)试剂盒对孕妇血浆进行STR分型,存在进行无创产前亲子鉴定的可能性。     

基于重组质粒制备STR分型阳性参照物

目的基于重组质粒制备可用于校准法医STR分型的阳性参照物。方法以常用阳性参照物9948人类基因组DNA STR分型为依据,基于重组质粒构建包含CSF1PO、D7S820、TH01等40个常染色体位点,DYS391、DYS522、DYS385a/b等22个Y染色体位点以及性别判定基因座Amelogenin的STR分型阳性参照物。将重组质粒定量、稀释后等比例混合,分别应用于DNATyper~?19、DNATyper~?24、DNATyper~?Y、Amp F?STR~?Identifiler~?Plus以及Power Plex~?18D System五种扩增试剂盒。结果阳性参照物中各重组质粒浓度为0.01pg/μL~0.001pg/μL;应用于Amp F?STR~?Identifiler~?Plus PCR扩增试剂盒,基于重组质粒制备的阳性参照物与人类基因组DNA扩增检测结果差异较小;将此阳性参照物分别应用于不同公司、不同STR基因座的四种STR扩增试剂盒,电泳检测图谱显示各基因座基因型完整,分型正确,峰高相当,基因座间均衡性良好。结论基于重组质粒制备STR分型阳性参照物,是一种可以替代细胞系制备阳性参照物的方法,具有一定的参考价值。基于此方法制备的阳性参照物可适用于市面上常用的STR检验试剂盒,普适性较强,对法医DNA分型检测有一定的实用价值。     

超出等位基因阶梯范围的基因峰与三带型等位基因的鉴别

目前国内外法医学亲子鉴定和个体识别的主要技术方法是短串联重复序列(STR)基因座分型方法[1]。随着技术的不断进步,市场上出现多种商业STR荧光标记复合扩增试剂盒,所标记的STR基因座也在不断增加[2-5]。常染色体上单个STR基因座在PCR扩增正常情况下,纯合子个体的毛细管电泳图谱表现为1个基因峰,杂合子个体表现为2个基因峰。极少数个体的STR分型图谱会出现三带型,即出现3个基因峰[6-9]。法医工作者需要有丰富的经验对在实验中所发现的单个基因座上出现3个基因峰的情况进行分析,并判断3个峰的真实性。     

混合生物样品的组分分析及其STR基因型判定

目的应用荧光标记STR多基因座联合检测技术对混合生物样品较少组分最低比例检出限和STR基因型的判定进行研究。方法 将已知浓度的人标准细胞系DNA:9947A和K562分别按照1:1、1:4、1:9、1:19、1:39、1:59、1:79和1:99比例混合后作为扩增模板,应用Profiler plus试剂盒对D3S1358、VWA、FGA、D8S1179、D21S11、D18S51、D5S818、D13S317、D7S820和性别鉴定基因座检验。结果在比例为1:19时能明确判定两个体各基因座基因型,且两样品基因型结果峰高平均值之比与样品浓度之比正相关。结论应用荧光标记STR多基因座联合检测技术可以对一定比例的混合生物样品进行STR基因型判定,并对其混合比例状况进行大致推断。     

Goldeneye~(TM)20A和Sinofiler~(TM)试剂盒的比较研究

目的比较GoldeneyeTM20A和SinofilerTM试剂盒的技术性能指标。方法从灵敏度、杂合等位基因峰高均衡性、耐受性、混合样本检测及等位基因分型结果 5个方面对GoldeneyeTM20A试剂盒和SinofilerTM试剂盒进行了比较。结果两种试剂盒的检测灵敏度值均为125pg;两种试剂盒在不同模板量扩增得到的杂合子平均峰高比值相近;GoldeneyeTM20A试剂盒对血红素抑制剂的耐受性略好于SinofilerTM试剂盒,当血红素含量为80μmol/L也可以得到完整的分型结果;两种试剂盒对7:1和1:7比例的混合样本都能得到主要与次要成分的完整等位基因分型结果。同一样本两种试剂盒在15个共有基因座上的分型结果完全相同。结论两种试剂盒的性能无明显差别,均能满足检验需要。GodeneyeTM20A试剂盒只需一次检验即可得到19个常染色体STR基因座和1个性别基因座的分型信息,在法庭科学检验和DNA数据库建设中具有较高的应用价值。     

两种混合STR分型分析软件的比较与应用

随着DNA技术的发展和应用拓广,案件现场生物检材及其提取检验愈受重视、愈显重要性,近年来混合检材的DNA有效检出比例越来越高,混合STR分型的拆分与合理解释也益发成为DNA鉴定技术领域的研究热点与难点。本文主要针对当下国际主流的两款混合分型分析软件——STRmix和云算GPM进行比较研究,就两者的基本信息、理论、分析过程作比较,并结合实战应用和典型案例综合分析两者的异同,希冀为法医DNA工作者提供选用参考和使用依据,也希望能够推动国内混合STR分型分析的发展及与国际交流互鉴。     

透明胶带上脱落细胞STR分型及数据库串并案1例

1案例资料 1.1简要案情2009年5月25日,3名犯罪嫌疑人尾随进入某市冯某（女,34岁）家中,采取持刀威逼、捆绑、透明胶带封口的方式进行抢劫,劫得现金及黄金手饰。 勘查提取到嫌疑人遗留在现场捆绑受害人的透明胶带若干段。     

1根阴毛的STR检验侦破强奸案1例

1案件简介 2000年8月25日凌晨事主吴某（女）与其男朋友在某长堤边发生争执后，留下吴某一人，吴某到旁边的宵夜档吸一支烟，后一男子强拉吴某到附近的河边处对其实施强奸，并没有射精。当时提取了阴道拭子及内裤。因为当时技术所限，未进行相关检验。     

辽宁汉族人群11个Y—STR基因座遗传多态性

Y染色体STR扩增片段短、多态信息含量高，突变率与常染色体STR相当，我们对辽宁汉族男性群体的Y染色体11个STR基因座的等位基因频率和单倍型频率进行调查，为相关工作提供基础数据。     

建立法医DNA数据库的初步探讨

<正> 本研究在国外成功建库的基础上,经几年的摸索,逐渐形成了一套建立DNA数据库的思路,并初步建立了北京地区法医DNA数据库,与同仁探讨。1 材料与方法1.1 材料1.1.1 样本 取自本中心1998年至今受理的未破案件现场遗留物中与被害人STR分型结果不同的样本     

常染色体STR、X染色体STR鉴定姐妹关系一例

法医DNA技术发展至今．利用常染色体STR进行父子、母子亲缘关系鉴定已很常见。但近年来．由于双亲皆无或双亲皆疑时,在认亲、遗产继承等案件中往往需要做同胞关系鉴定。笔者运用PCR—STR技术分别对两女性个体进行常染色体STR基因座、X染色体STR基因座分型,成功为当事人解决姐妹亲缘关系认定。现报道如下。     

KCNQ1内含子1a中STR基因座遗传多态性及PIA分型

目的调查汉族群体KCNQ1基因内含子1a中STR基因座的遗传多态性,并采用PIA分型技术确定等位基因的亲代来源。方法用PCR-STR分型技术对230例武汉汉族无关个体样本进行KCNQ1基因内含子1a中STR基因座分型检测;同时选用两种甲基化敏感的限制酶（msRE）HhaI和HpaⅡ对家系中孩子的基因组DNA进行消化后,采用PIA分型技术检测父源等位基因。结果KCNQ1内含子1a中STR基因座在汉族人群中检出10个等位基因、24种基因型,其个体识别能力（PD）、多态性信息含量（PIC）和非父排除率（PE）分别为0．852、0．66和0．484。HhaI和HpaII可消化个体的母源等位基因,PIA分型仅能检测出单一的父源等位基因。结论KCNQ1内含子1a中STR基因座在汉族群体具有较高的遗传多态性,PIA分型技术可以确定个体等位基因的亲代来源,具有较高的法医学应用价值。     

触摸痕迹擦拭物STR分型及数据库串并案1例

1案例资料 简要案情2010年2月18日上午6时许，在某批发市场门前，3名男子进入姚某（女，37岁）的轿车内进行抢劫，并将其捅伤。现场勘查人员在车门及车窗玻璃上共提取了43处棉签擦拭物。     

MiniFiler试剂盒进行微量细胞STR分型可行性探讨

目的探讨采用MiniFiler试剂盒进行微量细胞STR分型的可行性。方法利用显微操作法捕获微量口腔上皮细胞,采用MiniFiler试剂盒进行STR复合扩增,ABI 3130遗传分析仪检测STR分型。结果10个口腔上皮细胞能够获得稳定的STR分型;1、3、5个口腔上皮细胞能够获得完整的STR分型,但存在随机性。结论微量细胞进行STR分型具有不稳定性,目前还难以在实际检案中应用,但可以通过增加模板量来提高分型的成功率。     

DYS413基因座单倍型在山西汉族人群中的频率分布

1997年Malaspina[1] 报道的DYS4 13(YCAIII)STR基因座 ,在不同个体重复次数不同 ,具有个体差异性。随后Kayser等[2 ] 和Scozzari等[3] 对其在不同人群中的分布频率进行了调查 ,Kayser等[4 ] 还对其突变情况进行了研究 ,证实DYS4 13具有很好的遗传多态性和稳定性 ,是法医学和人类遗传学研究的理想遗传标记。国内郑秀芬[5] 也对DYS4 13的基本特性进行了报道。本文作者通过对 180例山西汉族无关个体DYS4 13基因座的分布频率进行调查 ,为其在法医学和人类遗传学方面的研究和应用提供了依据 ,现报道如下。1　材料和方法采集 180例山西…     

云南怒族人群HPRTB、DXS7423、DXS101基因座遗传多态性

HPRTB、DXS7423、DXS101是X染色体上常见的3个STR基因座,定位于Xq22.1-Xq28,其核心序列分别为AGTA、TCCA和CTT-ATT,本文对3个X-STR基因座的等位基因频率和基因型频率数据进行调查,为法医学检案提供基础遗传频率数据。1材料与方法1.1样本采集100份无血缘关系的怒族健康个体静脉血在云南随机采集,每份3m l,EDTA抗凝,-70℃保存[1]。1.2方法1.2.1 DNA提取及扩增Chelex-100法提取基因组DNA[2]。3个基因座引物序列及扩增条件见表1。表1 3个基因座的引物信息及扩增条件基因座PCR引物序列(5’to3’)变性退火延伸循环数HPRTBA…